fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 pfastq-dump...
fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra --gzip:输出gz格式压缩文件,节省空间,稍微多费点时间 -O ${directory}:设置输出的文件间路径,outdirectory改为相应路径 --split-3:不知道sra是单端还是双端,默认使用--split-3 常见的参数有三类: --split-spot: Split spots into individu...
--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 关于遇到的Rejected 35403447 READS because...
1. fastq-dump --stdout --split-spot /path/to/SRR8206319.sra | head 2. fastq-dump -X 1 ...
fastq-dump --split-files XXXX.sra 双端测序--split-spot:将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 fastq-dump --split-spot XXXX.sra 单端测序 fastq-dump XXXX.sra 需要进行trinity de novo组装的转录组数据,否则后续在组装阶段会报错 fastq-dump --defline-seq '@ ...
--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 ...
命令行: ~/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2/bin/fastq-dump --split-spot --gzip xxxx.sra 报错信息: fastq-dump.2.3.2err:name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'xxxx.sra' 解决方法: 找不到xxx.sra,就给它全路径就可以了 ...
yangyzh 命令行: ~/tools/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2-5-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-spot --gzip rhesus_b_heart.sra 报错信息: 2013-09-11T05:02:11 fastq-dump.2.3.2 err: name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'rhesus_b_heart....
--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 ...
split into individual reads --split-spot Split spots into individual reads Full Spot Filte...