fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 pfastq-dump...
fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra --gzip:输出gz格式压缩文件,节省空间,稍微多费点时间 -O ${directory}:设置输出的文件间路径,outdirectory改为相应路径 --split-3:不知道sra是单端还是双端,默认使用--split-3 常见的参数有三类: --split-spot: Split spots into individu...
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系 fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系分类: linux shell 好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 小鲨鱼2018 粉丝- 138 关注- 24 会员号:2227 +加关注 0 0 升级成为会员 ...
但是最近解压双端数据出现了报错:unrecognized option: '--split-3'。 解压单端数据: fastq-dump Col.sra 解压双端数据: fastq-dump --split-3 Col.sra 代码很简单应该没错啊,找了很久的原因,最后发现是我装的默认版本fastq-dump v2.10.0有问题,再安装一个老版本fastq-dump v2.9.0就好了。 /software/...
I have downloaded SRR files (using prefetch). It says on the ncbi website that all of my runs have 2 reads per spot, but when I for example run SRR8743324 with: ./bin/fastq-dump --split-files SRR8743324, I only get one single fastq outpu...
[b20223040323@admin1 test02]$ time fastq-dump --split-3SRR3156163.sra## 使用fastq-dump,并记录时间Read51332776spotsforSRR3156163.sra Written51332776spotsforSRR3156163.sra real4m52.519suser 4m35.183s sys 0m19.418s [b20223040323@admin1 test02]$ time fasterq-dump --split-3SRR3156164.sra## 使用...
fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。 2. 准备包含多个SRA数据库编号的文件或列表 你可以将多个SRA数据库编号保存在一个文本文件中,每行一个编号。例如,创建一个名为sra_list.txt的文...
fastq-dump --defline-seq '@sn[_sn[_rn]/$ri' --split-3 file.sra -o ../02.fastq 习惯默认输出到上一层目录中的02.fastq这个文件夹中。想要输出到别的位置记得修改-O|--outdir参数哟 选加参数: --gzip, --bzip2: 以压缩文件的方式输出结果 ...
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| S