3. openssl: error while loading shared libraries: libssl.so.1.1: cannot open shared object file: No such file or directory(4) 4. vmware安装centos虚拟机之后没有图形界面(3) 5. linux系统中$RANDOM命令(3) 最新评论 1. Re:centos7 中 用户名和主机名消失,显示-bash-4.2解决方法 好 --猝死...
fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 pfastq-dump...
fastq-dump属于老款,按官方说法是目前仍然支持,但将来可能弃用。下面的fasterq-dump是新款。 2、 fasterq-dump 也是sra-tools提供: 参考文章:fasterq-dump使用介绍 使用差不多,参数上多了-e,后面加上想使用的线程数。 示例: fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p 可以...
ls*.sra|whilereadid;do(fastq-dump --split-3 $id);done 我们的数据是Illumina的双端测序,所以用fastq-dump --split-3命令来把sra格式数据转换为fastq。 总共有7个测序数据,所以最好是同步改名,用-A参数,为了节省空间,用--gzip压缩。 1 2 perl -F'\t'-alne'if($F[7]=~/SRR/){$F[6]=~s/\...
我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -OtestSRR5318040.sra# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 totaltime fasterq-dump --split-3 ./SRR5318040 -e 20 -o SRR5318040# 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total ...
.../fastq-dump --fasta DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq #pair-end 双端测序 .../fastq-dump --split-3 DRR002018.sra # 结果生成 DRR002018_1.fastq,DRR002018_2.fastq REF: http://blog.sina.com.cn/s/blog_4055a5940100o1mg.html ...
需要自己看SRA里面的数据记录,上面的脚本不难写出,然后因为是Illumina的双端测序,所以我们用fastq-dump --split-3命令来把sra格式数据转换为fastq,但是因为这里有16个测序数据,所以最好是同步改名,我这里用脚本批量生成改名脚本如下: 为了节省空间,我用了--gzip压缩,该文件名,用-A参数。
使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump将SRR文件转换为fastq格式,将双端测序文件拆分为两个reads nohup fastq-dump --split-3 --gzip ./SRR6382584 & #SRR文件需指定路径,时间较长,-gzip 命令,输出gz的压缩格式,好处是可以节省空间 或使用更新后的sra解压工具,fasterq-dump, a faster fastq-dump,它能利...
/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i done [/shell] 解压的同时它也会显示每个SRA文件的数据量 四:结果文件解读 可以看到,每个SRA文件都产生了两个reads,分别是左右两端测序,说明这个SRA文件是双端测序策略。
我们一般使用fastq-dump的方式为 fastq-dump /path/to/xxx.sra 但是这个默认使用方法得到结果往往很糟, 比如说他默认会把双端测序结果保存到一个文件里, 但是如果你加上--split-3之后, 他会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. 还有你用--gzip就能输出gz格式, 能够节省空间的同时也...