fastq-dump拆分参数说明：--split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中 --split-files: ...
ls*.sra|whilereadid;do(fastq-dump --split-3 $id);done 我们的数据是Illumina的双端测序,所以用fastq-dump --split-3命令来把sra格式数据转换为fastq。 总共有7个测序数据,所以最好是同步改名,用-A参数,为了节省空间,用--gzip压缩。 1 2 perl -F'\t'-alne'if($F[7]=~/SRR/){$F[6]=~s/\...
conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设...
但是最近解压双端数据出现了报错:unrecognized option: '--split-3'。 解压单端数据: fastq-dump Col.sra 解压双端数据: fastq-dump --split-3 Col.sra 代码很简单应该没错啊,找了很久的原因,最后发现是我装的默认版本fastq-dump v2.10.0有问题,再安装一个老版本fastq-dump v2.9.0就好了。 /software/...
接着上一步,通过sra下载的数据时sra格式,我们需要转换为fastq格式,如果直接通过ascp下载的可以直接得到fastq文件。使用sratoolkit中的fastq-dump即可得到fastq文件。 首先看一个文件如何操作 fastq-dump --split-3 SRR5282602.sra ## --split-3 代表如果单端文件就会生成一个fatq文件,如果是双端就是生成两个fastq文...
3. openssl: error while loading shared libraries: libssl.so.1.1: cannot open shared object file: No such file or directory(4) 4. vmware安装centos虚拟机之后没有图形界面(3) 5. linux系统中$RANDOM命令(3) 最新评论 1. Re:linux 中 xargs 中的 -i选项 @马大哈哈哈 好嘞... --小鲨鱼2018...
fastq-dump--split-3file.sraAnerror occurred during processing.Areport was generatedintothe file'/root/ncbi_error_report.xml'.Ifthe problem persists,you may consider sending the file to'sra@ncbi.nlm.nih.gov'forassistance. 这是因为你的磁盘不够了,文件写不下去了,这时就需要清理文件了,或者在输出...
是的，一般使用 --split-3 将SRA文件的数据拆成对应的read1和read2 Usage:fastq-dump[options] <...
.../fastq-dump --fasta DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq #pair-end 双端测序 .../fastq-dump --split-3 DRR002018.sra # 结果生成 DRR002018_1.fastq,DRR002018_2.fastq REF: http://blog.sina.com.cn/s/blog_4055a5940100o1mg.html ...
使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump将SRR文件转换为fastq格式,将双端测序文件拆分为两个reads nohup fastq-dump --split-3 --gzip ./SRR6382584 & #SRR文件需指定路径,时间较长,-gzip 命令,输出gz的压缩格式,好处是可以节省空间 或使用更新后的sra解压工具,fasterq-dump, a faster fastq-dump,它能利...