fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显示进程 -e 24使用24个线程 另外fasterq-dump不能使用压缩命令。 2.1 fasterq-dump参数模式: fasterq-dump 2.2 --split-3 split-3 2.3 --split-spot split-spot split-spot, include technical 2.4 --split-files split-file...
我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra # 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040 # 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
fasterq-dump--split-3-e20*.sra 但是我发现这样实际上是调用不到多线程的?但是有时任务不急就没管,不过现在要弄接近一百个文件,每个解压缩后都很大,所以不得不看帮助文档了 Usage:fasterq-dump[options][accessions(s)...]Parameters:accessions(s)listof accessions to process Options:-o|--outfile<path>ful...
① fastq-dump (非--gzip模式) 用时:1m49s time (fastq-dump -O ./ --split-3 SRR3414630.sra) * (--gzip模式) 用时:8m35s time (fastq-dump -O ./ --split-3 --gzip SRR3414630.sra) ② fasterq-dump fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再下载。 fasterq-dump没有--gzip...
fasterq-dump的用法和fastq-dump一样,如下所示 fasterq-dump --split-3 ./SRR5318040 此外还有建立了GitHub Wiki提供使用教程,参见https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。 重点参数是-e|threads, 用于选择使用多少线程进行运行,默认是6个线程。 同时考虑到有些人容易着急,还提供了-p选项...
需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra ...
time fastq-dump--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra real 2m4.557s user 1m40.961s sys 0m9.731s 代码语言:javascript 复制 time fasterq-dump-e16--split-files-O~/SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过好像...
`example: $fasterq-dump SRR000001` 2. FASTQ/FASTA split spot The spots are split into reads, for each read : 4 lines of FASTQ or 2 lines of FASTA are written into the single output-file. This mode allows for the output to be redirected to stdout via: '--stdout ( -Z )'. ...
time fasterq-dump -e 16 --split-files -O ~/ SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过好像没有快个16倍,比心理预期要慢一点。实际运行过程中我们用top指令发现,尽管指定了16线程,但CPU占用率只是短暂地超过100%...