建库结束后就可以开始diamond的运行了,最基本的使用方法: diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输...
Diamond是一个用于比对query蛋白序列和数据库蛋白(blastp)或query核苷酸序列和数据库蛋白(blastx)的软件,官方测试其速度为blast的500～20,000倍。天下武功,唯快不破。资源需求低,适合台式机或笔记本电脑运行。当我们的查询序列过多或者蛋白数据库较大时,用Diamond进行比对是一个更好的选择。 插件用法 (我已经打包好...
Diamond是一个用于比对query蛋白序列和数据库蛋白(blastp)或query核苷酸序列和数据库蛋白(blastx)的软件,官方测试其速度为blast的500～20,000倍。天下武功,唯快不破。资源需求低,适合台式机或笔记本电脑运行。当我们的查询序列过多或者蛋白数据库较大时,用Diamond进行比对是一个更好的选择。 插件用法 (我已经打包好...
blast—小白教程 1. blast各个子命令 blastp:蛋白质比对到蛋白质库 blastx:核酸序列比对到蛋白质库 blastn:核酸序列比对到核酸库 tblastn:蛋白质序列比对到核酸序列库 2.使用 (1)makeblastdb构建自定… 熬夜泡ji...发表于生信软件个... 本地BLAST序列比对 本人已委托维权骑士(http://www.rightknights.com)进...
-o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0 ...
-o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0 ...
-o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0 ...
blastp blastx view -e 指定E-value,默认0.001,比blast的默认值10更加严格 -f 输出格式,我比较喜欢6,和blast+一样,可以选择输出哪些fields -o 输出到哪个文件中 -p 指定使用的核心数目 2. 基本用法 diamond help diamond v0.8.22.84 | by Benjamin Buchfink buchfink@...
Black Diamond 黑钻 Blast Pack 女款速进背包 全网比价 美国亚马逊 最低 ¥68940.49 商品介绍完善信息 Black Diamond是知名户外品牌,国人称之为BD或黑钻,总部位于美国。其产品侧重于岩石攀登、高山攀登和滑雪器械方面。在背包方面,BD是专业的技术包生产商,所谓技术包是指专为攀登、攀岩等专门用途而服务的专业性背包...
/Users/juan/eggnog-mapper/eggnogmapper/bin/diamond blastp -d '/Users/juan/eggnog-mapper/data/eggnog_proteins.dmnd' -q '/Users/juan/eggnog-mapper/Xylaria_sp_Z50_mai6.scaffolds.fsa' --threads 1 -o '/Users/juan/eggnog-mapper/p53_maNOG.emapper.hits' --tmpdir '/Users/juan/eggnog-ma...