1.-e参数 用来过滤比对较差的结果的,用'-e'参数指定一个实数,blast 会过滤掉期望值大于这个数的比对结果。这样不但简化了结果,还缩短了运行时间和结果占用的空间。 2. -p参数 -p blastp:蛋白序列与蛋白库做比对。 -p blastx:核酸序列对蛋白库的比对。 -p blastn:核酸序列对核酸库的比对。 -p tblastn:蛋...
可以看到使用diamond时,可以选很多参数,每个参数下面又有很多子参数。尽管功能很多,但是对于我们多数用户(尤其是我)来说,大多数参数我们都用不到。完成简单的比对,我们只需要用makedb建立索引,用blastp或者blastx进行比对。 其实我们只需要用到最基本的需要两行命令 ...
`blastall -i test.fa -d test.fa -o testblast.out -p blastp -F F -m 8 -e 1e-5 -b 10 -v 10 -a 2``` 主要参数: 以上流程中所用参数: -i 所用查询序列文件 -d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -...
比对软件Blast,Blast+,Diamond比较 1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],...
命令参数解读: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -e1e-5# 比对得分期望的E值为0.00005-d~/database/blastDB/nr/diamond/nr # nr数据库-q~/lncrna/test/filter4_by_pfam_exon.fa # 待比对fasta序列-f6# 输出格式6-o./dna_matches.txt 输出文件 ...
diamond blastp --db name --query proteins.fasta --out nr.tab --outfmt 6 --sensitive --max-target-seqs 20 --evalue 1e-5 --id 30 --block-size 20.0 --tmpdir /dev/shm --index-chunks 1 比对参数: --sensitive 添加该参数,则能得到更多比对结果。该模式适合比对较长的序列。默认模式主要适用...
0 BLAST pairwise format. 5 BLAST XML format. 6 表格模式 (默认输出格式). 100 DIAMOND 101 SAM format. 102 Taxonomic classification. 103 PAF format. 其他参数说明: --max-target-seqs/-k 比对到的最大序列数,默认值是25。--top 百分数的形式表示--max-target-seqs --evalue/-e 比对的最大evalue...
以后blast+搜索时要⽤到的-db的参数 -logfile ⽇志⽂件，如果没有默认输出到屏幕 资源消耗 blastx -query test.merged.transcript.fasta -db nr -out test.blastx.out 其中fasta⽂件只有19938⾏。可是运⾏起来耗费了很多资源：平均内存消耗：51.45G；峰值：115.37G cpu：1个 ...
blastp-vs-diamond-benchmark configs deprecated envs example modules .gitignore LICENSE README.md example_heatmap.png example_output.png main.nf nextflow.config README GPL-3.0 license Objective How? Requirements Execution examples Example output ...