diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输入检索序列(核酸序列) --out/-o:输出文件,默认以 --o...
一个比较常用到的功能,就是利用diamond代替blast,对大规模数据库进行alignment 首先构建dianmond blastp DB $ diamond makedb --in "${fastqdir}" -d DB 2. blastp diamond blastp -d DB -q query.faa -o output.txt DIAMOND blastp的输出文件可以选择 --outfmt output format 0 = BLAST pairwise 5 ...
`blastall -i test.fa -d test.fa -o testblast.out -p blastp -F F -m 8 -e 1e-5 -b 10 -v 10 -a 2``` 主要参数: 以上流程中所用参数: -i 所用查询序列文件 -d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -...
blastall -i query.fasta -d uniref50 -o blast.out -p blastn -F F -e 1e-5 -m 8 1.-e参数 用来过滤比对较差的结果的,用'-e'参数指定一个实数,blast 会过滤掉期望值大于这个数的比对结果。这样不但简化了结果,还缩短了运行时间和结果占用的空间。 2. -p参数 -p blastp:蛋白序列与蛋白库做比...
-d 所用序列数据库的名称 default=nr -o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0...
5BLAST XML format 6BLAST tabular format (默认) ,可以自己设置,与blast+相似,如:--outfmt '6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids' 默认:qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore...
(>5-gram x metre) intersection along the east-dipping Piezzi Reef Fault returned 7 m @ 1.88 g/t Au and anomalous gold is present across the O’Connors Reef. Both the Piezzi and O’Connor’s reefs are interpreted as “Blind Targets,” on this section, occurrin...
BLAST BLAST B BLK Blackcoin B BWK Bulwark b BQC BBQcoin b BTC Bitcoin 1 TEST Bitcoin Testnet m or n BTCD Bitcoin Dark R CCC Chococoin 7 CCN Cannacoin C CDN Canadaecoin C CLAM Clamcoin x CNC Chinacoin C CNOTE C-Note C CON PayCon P CRW Crown 1 DASH Dash X DEEPONION DeepOnion...
第二步 :比对, 比对可以是blastx也可以是blastp,下面以blastp为例blastx一样处理 E:\master\group_classification\2018\perl and flow 2\ref_num\ --db/-d 输入比对数据库 --query/-q 比对序列 --threads/-p 线程数 --out/-o 输出文件 --outfmt/-f 输出文件格式 输出的文件格式介绍: 0 BLAST pai...
先了解BLAST Databases：如何下载NCBI blast数据库？NCBI提供了⼀个⾮常智能化的脚本update_blastdb.pl来⾃动下载所有blast数据库。脚本使⽤⽅法：perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库？perl update_blastdb.pl --showall 该命令会显⽰所有可供下载的blast数据库，请⾃⾏选择：16S...