蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2 blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 参数说明:...
Black Diamond 黑钻 Blast Pack 女款速进背包 全网比价 美国亚马逊 最低 ¥101295.22 商品介绍完善信息 Black Diamond是知名户外品牌,国人称之为BD或黑钻,总部位于美国。其产品侧重于岩石攀登、高山攀登和滑雪器械方面。在背包方面,BD是专业的技术包生产商,所谓技术包是指专为攀登、攀岩等专门用途而服务的专业性背包...
qcovus means Query Coverage Per Unique Subject (blastn only) When not provided, the default value is: 'qaccver saccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore', which is equivalent to the keyword 'std' Default = `0' 默认是0,也就是会输出比对的结果。 但...
I calculated that theaverage difference in percentage of POCP scores is ~0.16 %between using BLASTP or DIAMOND in--ultra-sensitivemode. The runtime (without Prokka annotation,--proteinsinput) for 44Enterococcusgenomes (comprising 1,892 pairwise comparisons) is halved from 10h 12m (BLASTP) to ...
blastp/mmseqs/diamond/hmmer等类blastp软件(hmmer除外)的方法进行蛋白比蛋白的搜索,得到相应的结果,我们可以采用多种软件,取交集来选择更加可靠的结果,这种方法适合有着比较良好注释的CDS的情况。 关于tblastn+exonerate的流程,可以参考我的github:https://github.com/ijustwanthaveaname/Genefamily_pipeline ...
Star Blast: diamond dashXếp hạng và Nhận xét 4,4/5 465 đánh giá
diamond blastp -d nr -q gene.fasta -o matches.m8 -f 6 -p 50 --more-sensitive -e 1e-5 --db/-d <file> 输入比对数据库 --query/-q <file> 比对序列 --threads/-p 线程数 --out/-o <file> 输出文件 --outfmt/-f 输出文件格式,默认6(表格) ...
blastp blastx view -e 指定E-value,默认0.001,比blast的默认值10更加严格 -f 输出格式,我比较喜欢6,和blast+一样,可以选择输出哪些fields -o 输出到哪个文件中 -p 指定使用的核心数目 2. 基本用法 diamond help diamond v0.8.22.84 | by Benjamin Buchfink buchfink@...
Blast,Blast+,Diamond比较 1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T