建库结束后就可以开始diamond的运行了,最基本的使用方法: diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输...
(2)blast+比对 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2 blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre...
旧版本DIAMOND(v0.7.12,使用默认和--sensitive模式)、MMSeqs2(版本11,使用灵敏度参数s=1.0、2.5、6.0、7.5以及s=7.5且带有--max-seqs 100000的模式)、BLASTP(v2.10.0)和QuickBLAST(v0.0.0)之间进行了计算加速和比对灵敏度的比较。
(2)blast+比对 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_desc...
5BLAST XML format 6BLAST tabular format (默认) ,可以自己设置,与blast+相似,如:--outfmt '6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids' 默认:qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore...
nohup perl update_blastdb.pl --decompress nr >out.log 2>&1 & ⾃动在后台下载，然后⾃动解压。（下载到⼀半断⽹了，在运⾏会接着下载，⽽不会覆盖已经下载好的⽂件）blast如何使⽤？这⾥只演⽰blastx的使⽤⽅法。刚才下载的nr库就是蛋⽩库，blastx就是⽤来将核酸序列⽐对到...
The pipeline identifies orthologous proteins between species using DIAMOND in blastp mode. Please note that the original POCP publication used BLASTP for calculating the alignments. However, DIAMOND is not only faster, which is an advantage when calculating POCP values for larger input data sets, ...
用query基因、DNA序列、16S扩增子序列、蛋白序列比对基因注释、物种注释 、基因功能注释数据库。Blast准确性高,速度慢。Diamond速度更快,常用于二代测序短序列比对。 一、Diamond blastp Diamond blastx功能可用于DNA序列比对【蛋白库】 【核酸】比对【蛋白库】 ...
blastp/mmseqs/diamond/hmmer等类blastp软件(hmmer除外)的方法进行蛋白比蛋白的搜索,得到相应的结果,我们可以采用多种软件,取交集来选择更加可靠的结果,这种方法适合有着比较良好注释的CDS的情况。 关于tblastn+exonerate的流程,可以参考我的github:https://github.com/ijustwanthaveaname/Genefamily_pipeline ...
用来过滤比对较差的结果的,用'-e'参数指定一个实数,blast 会过滤掉期望值大于这个数的比对结果。这样不但简化了结果,还缩短了运行时间和结果占用的空间。 2. -p参数 -p blastp:蛋白序列与蛋白库做比对。 -p blastx:核酸序列对蛋白库的比对。 -p blastn:核酸序列对核酸库的比对。