-p blastp:蛋白序列与蛋白库做比对。 -p blastx:核酸序列对蛋白库的比对。 -p blastn:核酸序列对核酸库的比对。 -p tblastn:蛋白序列对核酸库的比对。 3.-F 参数 -F(T/F)参数是用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。如果选“T”,程序在比对过程中会屏蔽query中的简单重复和低复杂度序列;选'F'则不会屏...
diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输入检索序列(核酸序列) --out/-o:输出文件,默认以 --o...
(2)blast+比对 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2 blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre...
Diamond是一个用于比对query蛋白序列和数据库蛋白(blastp)或query核苷酸序列和数据库蛋白(blastx)的软件,官方测试其速度为blast的500～20,000倍。天下武功,唯快不破。资源需求低,适合台式机或笔记本电脑运行。当我们的查询序列过多或者蛋白数据库较大时,用Diamond进行比对是一个更好的选择。 插件用法 (我已经打包好...
-o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0 ...
Black Diamond 黑钻 Blast Pack 女款速进背包 全网比价 美国亚马逊 最低 ¥68940.49 商品介绍完善信息 Black Diamond是知名户外品牌,国人称之为BD或黑钻,总部位于美国。其产品侧重于岩石攀登、高山攀登和滑雪器械方面。在背包方面,BD是专业的技术包生产商,所谓技术包是指专为攀登、攀岩等专门用途而服务的专业性背包...
一个比较常用到的功能,就是利用diamond代替blast,对大规模数据库进行alignment 首先构建dianmond blastp DB $ diamond makedb --in "${fastqdir}" -d DB 2. blastp diamond blastp -d DB -q query.faa -o output.txt DIAMOND blastp的输出文件可以选择 ...
6BLAST tabular format (默认) ,可以自己设置,与blast+相似,如:--outfmt '6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids' 默认:qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore ...
(>5-gram x metre) intersection along the east-dipping Piezzi Reef Fault returned 7 m @ 1.88 g/t Au and anomalous gold is present across the O’Connors Reef. Both the Piezzi and O’Connor’s reefs are interpreted as “Blind Targets,” on this section, occurring...
BLAST BLAST B BLK Blackcoin B BWK Bulwark b BQC BBQcoin b BTC Bitcoin 1 TEST Bitcoin Testnet m or n BTCD Bitcoin Dark R CCC Chococoin 7 CCN Cannacoin C CDN Canadaecoin C CLAM Clamcoin x CNC Chinacoin C CNOTE C-Note C CON PayCon P CRW Crown 1 DASH Dash X DEEPONION DeepOnion...