建库结束后就可以开始diamond的运行了,最基本的使用方法: diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输...
formatdb 简单介绍:formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA,而且不论是核苷酸序列数据库,还是蛋白质序列数据库;不论是使用Blastall ,还是Blastpgp,Mega Blast应用程序,这一步都是不可少的。 主要参数的说明 -i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional -p 文件类型,是核苷酸序列数据库,还是蛋白质序列数据库 T:p...
因为是蛋白质比蛋白质,所以program选择blastp。E-vaule可以根据自己的需要来设置,默认是0.001。Threads一般可以不用改,因为Diamond真的很快。输出格式也可以按照自己的需要选择,提供了tabular,pairwise,xml和sam格式。 最后,设置一个输出文件,点start 我们就获得了一个tabular格式的输出 如何将Diamond制作成TBtools插件?
当比较DIAMOND(v2.0.7)与BLASTP(v2.10.0)时,我们发现在使用最低灵敏度模式时,DIAMOND的速度比BLASTP快约8000倍,而在灵敏度水平与BLASTP相当的超灵敏模式下运行时,DIAMOND的速度仍然比BLASTP快80倍。进一步基于ROC曲线(图1b)检查灵敏度与特异性之间的权衡,结果显示DIAMOND(v2.0.7)在非常灵敏和超灵敏模式下,在...
1. Blast (1)格式化数据库 主要参数: i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F
-o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0 ...
Black Diamond 黑钻 Blast Pack 女款速进背包 全网比价 美国亚马逊 最低 ¥68940.49 商品介绍完善信息 Black Diamond是知名户外品牌,国人称之为BD或黑钻,总部位于美国。其产品侧重于岩石攀登、高山攀登和滑雪器械方面。在背包方面,BD是专业的技术包生产商,所谓技术包是指专为攀登、攀岩等专门用途而服务的专业性背包...
5BLAST XML format 6BLAST tabular format (默认) ,可以自己设置,与blast+相似,如:--outfmt '6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids' 默认:qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore...
第二步 :比对, 比对可以是blastx也可以是blastp,下面以blastp为例blastx一样处理 E:\master\group_classification\2018\perl and flow 2\ref_num\ --db/-d 输入比对数据库 --query/-q 比对序列 --threads/-p 线程数 --out/-o 输出文件 --outfmt/-f 输出文件格式 输出的文件格式介绍: 0 BLAST pair...
(>5-gram x metre) intersection along the east-dipping Piezzi Reef Fault returned 7 m @ 1.88 g/t Au and anomalous gold is present across the O’Connors Reef. Both the Piezzi and O’Connor’s reefs are interpreted as “Blind Targets,” on this section, occurring...