blastall -i query.fasta -d uniref50 -o blast.out -p blastn -F F -e 1e-5 -m 8 1.-e参数 用来过滤比对较差的结果的,用'-e'参数指定一个实数,blast 会过滤掉期望值大于这个数的比对结果。这样不但简化了结果,还缩短了运行时间和结果占用的空间。 2. -p参数 -p blastp:蛋白序列与蛋白库做比...
建库结束后就可以开始diamond的运行了,最基本的使用方法: diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输...
qcovus means Query Coverage Per Unique Subject (blastn only) When not provided, the default value is: 'qaccver saccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore', which is equivalent to the keyword 'std' Default = `0' 默认是0,也就是会输出比对的结果。 但...
蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2 blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 参数说明:...
-o BLAST结果的输出文件 -p 所用程序名称: blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx -F 查询序列过滤:将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉 default = T -m 比对结果显示格式 defalut=0 -e 期望值,描述搜索某一特定数据库时,随机出现的匹配序列数目default = 10.0 ...
我们通过系统地将DIAMOND(v2.0.7)的性能与BLASTP(v2.10.0)和MMSeqs2(版本11)以及DIAMOND的早期版本(v0.7.12)进行比较,展示了DIAMOND的搜索能力,这些工具目前是生命之树尺度灵敏蛋白质搜索最有希望的替代方案(图1)。为了创建一个涵盖生命之树全部多样性的注释蛋白质序列的基准数据集,我们下载了NCBI nr数据库(2019...
先了解BLAST Databases：如何下载NCBI blast数据库？NCBI提供了⼀个⾮常智能化的脚本update_blastdb.pl来⾃动下载所有blast数据库。脚本使⽤⽅法：perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库？perl update_blastdb.pl --showall 该命令会显⽰所有可供下载的blast数据库，请⾃⾏选择：16S...
The pipeline identifies orthologous proteins between species using DIAMOND in blastp mode. Please note that the original POCP publication used BLASTP for calculating the alignments. However, DIAMOND is not only faster, which is an advantage when calculating POCP values for larger input data sets, ...
blastp-db/path/to/blastn_pro \-query query.faa \-outblast_pro.out\-num_threads52-qcov_hsp_perc80-outfmt6\-evalue1e-5-num_alignments1 Blast比对结果 1、Query id:查询序列ID标识2、Subject id:比对上的目标序列ID标识3、%identity:序列比对的一致性百分比4、alignment length:符合比对的比对区域的长...
diamond blastp --db name --query proteins.fasta --out nr.tab --outfmt 6 --sensitive --max-target-seqs 20 --evalue 1e-5 --id 30 --block-size 20.0 --tmpdir /dev/shm --index-chunks 1 比对参数: --sensitive 添加该参数,则能得到更多比对结果。该模式适合比对较长的序列。默认模式主要适用...