db参数用于指定已知蛋白质序列数据库的路径,blastp将在该数据库中搜索与query序列相似的序列。用户需要提前下载或构建好蛋白质数据库,并将其路径作为db参数的值。 三、参数3:evalue evalue参数用于设定期望值阈值,表示在给定的数据库中,随机匹配得到与query序列相似的比对结果的期望数量。通常情况下,用户可以将evalue设...
第一步应该建立索引,这没讲清楚。 1. makeblastdb建立索引 2.比对 上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化...
blastp -db merge.fa -query test.fa -out test.merge.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 5283 -word_size 2 -matrix PAM30 又对chicken.fa进行了搜索,使用了下面的命令: blastp -db chicken.fa -query test.fa -out test.chicken.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 44 -word_size ...
blastp -db merge.fa -query test.fa -out test.merge.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 5283 -word_size 2 -matrix PAM30 又对chicken.fa进行了搜索,使用了下面的命令: blastp -db chicken.fa -query test.fa -out test.chicken.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 44 -word_size ...
blastn-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-max_target_seqs6-outresult #-evalue为阈值,-outfmt为输出格式,-max_target_seqs为最大匹配基因对个数 blastp makeblastdb-ina.fasta-dbtype prot-outa_db #建参考蛋白序列索引 blastp-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-outresult-max_...
\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd=blastp_path, query=q, db=database, evalue=0.001, outfmt=5, out=result)如果你现在这样做,print(blastp_cline)它应该打印...
blastp -query query.fasta -db database -out result.txt 其中,query.fasta是含有查询序列的文件名,database是目标数据库的名称。-out参数指定了结果输出的文件名。 在blastp运行过程中,会根据预设的参数进行局部比对、打分和评估。使用者可以根据需要设置一些参数以优化比对结果。 - evalue是一个重要的参数,它代...
1.下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 2.双击下载的安装包,如下所示表式安装成功 3.创建数据库文件夹并添加路径到环境变量 4.使用makeblastdb自定义参考基因组文件,例如这里创建hg19.fa,out为hg19 5.使用时候注意,-db的名字为上一步-out的名字,按照如下即可。... ...
blastp -query query.fasta -db database.fasta -out results.txt -evalue 0.01 This command will search thequery.fastafile against thedatabase.fastafile and save the results in theresults.txtfile. Matches with an E-value below 0.01 will be reported. 4.2 Specifying Output Format If you prefer ...
问题是，返回的不是我所识别的对齐数据，我得到的是这样的(这是源代码中“Blast_record”的内容)；我...