第一步应该建立索引,这没讲清楚。 1. makeblastdb建立索引 2.比对 上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化...
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、 翻译后的核酸序列比对翻译后的核酸数据库(tblastx) ...
我做的是本地blast，如果用-m 8输出，其中一列结果是length 指的是aligned长度，我发现其计算的方式是...
Blast 本地化: window 平台下 blast 软件的安装 boyun 发表于 2009-07-09 17: 08 | 阅读 1 views 1. 对于 windows 2000/xp 用户, 下载 blast-2. 2. 18-ia32-win32. exe 安装文件 ftp: //ftp. ncbi. nlm. nih. gov/blast/executables/LATEST/blast-2. 2. 18-ia32-win32. exe 2. 创建一个...
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右键点击“我的电脑”-“属性”,然后选择“高级系统设置”标签-“环境变量”(图1),在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值,即“E:\Blast\bin”。 此时点击“新建”-变量名“BLASTDB”,变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径,图2)。
INHOUSELOCALBLASTSEARCHTogetstartedyouneedtheblastall,e,eandformatdb,e,e,FromNCBI,Therestoftheperlandbatchprogramsyoumig
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迎来自己第二个“本命年”的NIMBUS系列,最新款GEL-NIMBUS 24比前几代降低了约15克的重量。几大升级——中底配置了FF BLAST foam家族最新的FF BLAST+,相比FF BLAST更为轻盈,大幅减轻中底的重量;使用了针织插角鞋舌,提供更出色的包裹感,更薄厚度也带来了更好的透气性;大底采用ASICS LITE RUBBER和ARAH+两种橡胶。