原文链接:生物序列比对搜索工具_NCBI BLAST本地Linux版 欢迎关注“细猪技术”微信公众号,更早获取最新资讯 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是美国国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information, NCBI)开发的一款基于序列相似性的数据库比对搜索工具,也是当下应用最广泛的生物序列数据库比对搜...
在打开的命令提示符界面,输入“blastn”或者“makeblastdb”,如出现以下界面,代表blast安装成功。 Blastn正常界面: makeblastdb正常界面: 如未出现以上界面,或者报错,说明blast安装有问题,请重新回到第一步安装步骤操作。 第三步:Blast建库 (以下截图仅以核苷酸为例,如需要操作的是氨基酸序列,参数需相应修改) 假设:...
网页版有一定的局限性,所以说我们需要构建自己本地的Blast环境,下面我就分步骤来说明下Blast本地安装。一、下载Blast安装包到Blast的官网(ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl)下载你系统对应的安装包,为了防止文件下载出错,你还可以下载对应的MD5文件进行校验。这里我们下载linux版本的(ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz...
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 选择LInux系统,如图所示 右键->复制链接地址 获得如下的地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz 实测在服务器直接wget下载速度很慢,建议在本机用迅雷下载,然后用FTP传输工具传到...
本地版BLAST程序及常用参数
BLAST database 1. Open BioEdit and select Accessory Application | BLAST | Create local nucleotide OR protein database file 2. Navigate to the FASTA file of reference sequences and select ‘Open’ BioEdit will now create the files necessary for a local BLAST database, based on the sequences ...
本地版BLAST程序及常用参数 1.BLAST种类 . Formatdb 建库命令:formatdb 功能:创建三个主要的文件——库索引(indices), 序列(sequences)和头(headers)文件 生成的文件的扩展名分别是: .pin、.psq、.phr(对蛋白质序列) .nin、.nsq、.nhr(对核酸序列) ...
1blast+的本地化构建 链接到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 下载ncbi-blast-2.2.23+-ia32-win32.tar.gz（绿色版），解压到d盘，并将文件夹更名为blast（我习惯这样做，因为在dos中写命令时方便），这样就安装完毕了，blast下具2个文件即bin 和doc。2 数据库下载 2.1法1...
构建本地版blastn数据库 参考: https://blog.csdn.net/Elean_Fang/article/details/121201539 https://www.jianshu.com/p/ed6a3aa7784b?utm_campaign=maleskine
blast+的本地化构建 1.1程序下载链接到:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 下载最新的BLAST+程序包,推荐版本ncbi-blast-2.2.24+-ia32-win32.tar.gz(绿色版windows32位系统),其他版本:ncbi-blast-2.2.24+-win32.exe适用于windows32位系统,ncbi-blast-2.2.24+-win64.exe适用Windows...