blastn -db database -query query_file -out output_file -evalue evalue_cutoff -num_threads threads “` 这是blastn(用于核酸比对)的示例命令。其中,`-db`指定要使用的数据库名称,`-query`指定要比对的查询文件,`-out`指定结果输出到的文件,`-evalue`指定期望值(E-value)的阈值,`-num_threads`指定使用...
1)用命令将test.fasta转化为数据库test_db:makeblastdb -in test.fasta -dbtype nucl -title ctjsw -parse_seqids -out test_db ``` ctjsw@xps:~/blast-lastest$ makeblastdb -intest.fasta -dbtype nucl -title ctjsw -parse_seqids -outtest_db ctjsw@xpsp:~/blast-lastest$ makeblastdb -in te...
1.建立数据库,准备好需要建立数据库的fasta文件,然后在命令行中进入文件的主目录输入以下指令建立数据库: makeblastdb -in protein_data.faa -dbtype prot -out test_prot.db makeblastdb:构建数据库命令 -in:指定需要建库的fasta文件路径 -dbtype:指定数据库的类型,分为两种,prot和nucl,前者是蛋白后者是核酸。
（1）首先我们设置 BLASTDB 变量，它的值为我们安装 blast 路径下 db 目录所在的路径，如果你的路径不...
以后打算工作中用到的相关BLAST操作全部用BLAST+来完成 与以前的Blast相以,我们还是从格式化数据库到比对开始 一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb -in input_fi
blastn -db test -query test.fa -outfmt 0 -out test.o0 通过outfmt参数指定输出格式,官方提供的输出格式是19种,以下是具体的介绍。 第1 种:outfmt 0 软件默认的输出格式,与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息,示例如下。
use blastdbcmd command. The problems are that I don´t know how I have to write right the commannd and also, I have an error message:No alias or index file found nucleotide database 16SMicrobial in search path C:users\Debora\blast-2.2.27+; C:users\Debora\blast-2.2.27+\db\16S...
然后打开cmd,输入blastn,出现下图所示,就证明安装成功。 然后在D:\blast-2.12.0+目录下,新建db文件,添加环境变量BLASTDB 三、使用Blast+ 先整理好要用的fasta文件,也可以从网上下载,将fasta文件放在db文件夹下,然后打开cmd.输入如下。 -in:代表用来构库的基因组文件的地址和文件名 ...
在该网站下载最新适合电脑系统的版本 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/ 安装点点点下一步 系统环境变量添加 ``` name: blastdb value: C:\Program Files\NCBI\blast-2.15.0+\doc ``` 运行 1. Windows + R 键入CMD确认 ...
Process process = Runtime.getRuntime.eexec("formatdb -i DBFile -p T -o T"); process.waitFor(); //等待命令执行结束,获取执行结果 程序运行结束后,如果建立的是核酸库,-o为F时,会输出**.nhr,**.nin,**.nsp文件,-o为T时,还会多输出**.hsd,**.nsi,**.nni和**.nnd文件。类似的,当建立的...