blast比对结果一般以文本文件形式输出,包括多个字段,如query序列ID、subject序列ID、比对得分、相似度等信息。以下是一个典型的blast比对结果的示例: Query_1 Subject_1 Score_1 Identity_1 Query_2 Subject_2 Score_2 Identity_2 Query_3 Subject_3 Score_3 Identity_3 其中,Query表示查询序列的ID,Subject表示目...
三、检索结果 点击BLAST运行,等待,,, 检索结果显示 检索结果解读(重点看5、8、9三个指标) Description:如果结果中出现过多hypothetical protein假设蛋白、Unnamed protein product未命名蛋白、Putative uncharacterized protein(未表征蛋白)等结果,表明进行比对的数据库不太合适,检索结果意义不大。 Scientific...
正如前面提及,BLAST 默认的输出以 HSP 为单位,有时候并不太合适。比如,有些时候比对结果是这样的(即超过 1 个 HSP) 这种情况下,如果是 NCBI BLAST 默认的 表格输出,那么就是 我们完全可以想想,有不少时候,可能有 N 个hsp。而这些信息,本身冗余。此外,也无法直接看到比对覆盖率。为此... 很久很久以前,我就...
根据比对结果,可以构建同源序列之间的系统发育树,以了解它们的进化关系。 在分析BLAST蛋白序列比对结果时,需要综合考虑上述因素,以确定比对结果的质量和生物学意义。必须注意的是,BLAST比对是基于序列的相似性,不一定总是反映蛋白的功能相似性。特别是对于低相似度的匹配,可能需要更多的生物学验证来确定它们之间的确切关系...
在解读blast比对结果时,我们可以从几个关键方面入手,包括查询覆盖率、引物或探针匹配、E值、位点一致性和生物学含义等。本文将一步一步回答围绕着blast比对结果解读的几个主题。 一、查询覆盖率: 查询覆盖率是指待比对序列在blast比对中与数据库序列的匹配程度。查询覆盖率可以通过比对结果中的两个指标来评估,即比对...
blast比对结果中的e值与p值关系的公式通常为:P = e * N,其中N为搜索的数据库大小(序列数)。这个公式用于估计在给定的数据库大小下,随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率。BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对算法。BLAST算法...
之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对,今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。 比对命令 blastn -db test -query test.fa -outfmt 0 -out test.o0 通过outfmt参数指定输出格式,官方提供的输出格式是19种,以下是具体的介绍。 第1 种:outfmt 0 ...
正如前面体积,BLAST 默认的输出以 HSP 为单位,有时候并不太合适。比如,有些时候比对结果是这样的(即超过 1 个 HSP) 这种情况下,如果是 NCBI BLAST 默认的 表格输出,那么就是 我们完全可以想想,有不少时候,可能有 N 个hsp。而这些信息,本身冗余。此外,也无法直接看到比对覆盖率。为此... 很久很久以前,我就...
Blast结果解析 首先会看到一个表头,即本次比对的基本信息,如比对类型、序列长度、所选的数据库等等。如果所选的数据库不合适,请及时迷途知返哦。 接下来就是Blast的结果显示图(Graphic Summary):颜色比例尺,其中相似度从高到低排列分别为:红、紫、绿、蓝、黑,红色区域越多则表示有较好的比对结果。
序列比对的常用工具:BLAST,但是其运行速度慢的令人捉急。 一、BLAST(Basic Local Alignment Search Tool,局部相似性基本查询工具) BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相...