第1 种:outfmt 0 软件默认的输出格式,与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息,示例如下: 第2 种:outfmt 1 这种格式只保留了序列比对信息,给出输入序列,库中一致的用.表示,不一致的会显示不一致的碱基,可读性更强。 第3 种:outfmt 2 与第二种一致,只是序列展示有区别,所有比对的序列...
在分析BLAST蛋白序列比对结果时,需要综合考虑上述因素,以确定比对结果的质量和生物学意义。必须注意的是,BLAST比对是基于序列的相似性,不一定总是反映蛋白的功能相似性。特别是对于低相似度的匹配,可能需要更多的生物学验证来确定它们之间的确切关系。发布于 2024-08-18 10:13・IP 属地四川 ...
这种格式会输出比较多的统计信息,包括比对位置、得分、evalue等,可读性很强,一般都会选择输出这种格式。 第8 种:outfmt 7 这种格式基本与第7种一致,只不过每条序列加了说明信息,便于查看结果,相当于加了一个表头。 # BLASTN 2.4.0+ #Query:test1 #Database:test #Fields:query id,subject id,% identity,align...
正如前面体积,BLAST 默认的输出以 HSP 为单位,有时候并不太合适。比如,有些时候比对结果是这样的(即超过 1 个 HSP) 这种情况下,如果是 NCBI BLAST 默认的 表格输出,那么就是 我们完全可以想想,有不少时候,可能有 N 个hsp。而这些信息,本身冗余。此外,也无法直接看到比对覆盖率。为此... 很久很久以前,我就...
正如前面提及,BLAST 默认的输出以 HSP 为单位,有时候并不太合适。比如,有些时候比对结果是这样的(即超过 1 个 HSP) 这种情况下,如果是 NCBI BLAST 默认的 表格输出,那么就是 我们完全可以想想,有不少时候,可能有 N 个hsp。而这些信息,本身冗余。此外,也无法直接看到比对覆盖率。为此... 很久很久以前,我就...
在解读blast比对结果时,我们可以从几个关键方面入手,包括查询覆盖率、引物或探针匹配、E值、位点一致性和生物学含义等。本文将一步一步回答围绕着blast比对结果解读的几个主题。 一、查询覆盖率: 查询覆盖率是指待比对序列在blast比对中与数据库序列的匹配程度。查询覆盖率可以通过比对结果中的两个指标来评估,即比对...
blast序列比对结果怎么看 NCBI 中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性。1.NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST 包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍Specialized BLAST 是一些特殊...
NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计。 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致,Blast是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列,或者说是最相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪...
NCBIBLAST比对结果详细分析
blast比对结果中的e值与p值关系的公式通常为：P = e * N，其中N为搜索的数据库大小（序列数）。这个公式用于估计在给定的数据库大小下，随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对算法。BLAST算法...