LINKVIEW2 是一个对 DNA 比对(alignments)进行可视化的工具,包含一个命令行工具和一个图形化界面。有助于生物信息学研究人员快速地将比对结果进行可视化。支持多种比对格式,包括 blast、minimap2、MUMmer 软件的输出结果,以及 LINKVIEW2 专属格式。支持多种绘图风格,自定义比对块颜色、highlight 某段区间、自定义比例尺...
首先是使用blast建库比对 makeblastdb -in mt.fasta -dbtype nucl -out mt blastn -query cp.fasta -db mt -outfmt 6 > output.txt 首先是准备数据用来画最外圈用来展示两条序列的部分 df<-data.frame(chr=c(rep("chloroplast",2),rep("mitochondrial",2)),x=c(1,131478,1,444567),y=c(0,1,0,...
目前网页版Circoletto更新到07.09.16版本,界面如下图所示: 输入方式有两种:(1)最简单的方式是直接输入blast的比对 结果(默认格式); (2)在前两个空白框内,可以输入fasta序列或者序列文件:query fasta和database fasta 该种方式用户可以设置E-value值(默认是1e-10),针对DNA比对DNA的序列可以勾选tblastx。 输出结果...
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首先是使用blast建库比对 makeblastdb -inmt.fasta -dbtype nucl -outmtblastn -query cp.fasta -db mt -outfmt6> output.txt AI代码助手复制代码 然后是准备数据用来画最外圈用来展示两条序列的部分 df<-data.frame(chr=c(rep("chloroplast",2),rep("mitochondrial",2)),x=c(1,131478,1,444567),y=c...
使用R语言包circlize可视化展示blast双序列比对结果 circlize这个包还挺强大的,R语言里用来画圈图还挺方便的。 今天这篇文章记录用circlize这个包画圈图展示blast双序列比对结果的代码 植物线粒体基因组类的文章通常会分析细胞器基因组间基因转移情况,基本的分析方法就是blast比对。可视化展示可以选择用这个圈图来做...
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使用R语言包circlize可视化展示blast双序列比对结果 circlize这个包挺强大的,R语言里用来画圈图非常方便。 今天这篇文章记录用circlize这个包画圈图展示blast双序列比对结果的代码 植物线粒体基因组类的文章通常会分析细胞器基因组间基因转移情况,基本的分析方法就是blast比对。可视化展示可以选择用这个圈图来做...
LINKVIEW2 是一个对 DNA 比对(alignments)进行可视化的工具,包含一个命令行工具和一个图形化界面。有助于生物信息学研究人员快速地将比对结果进行可视化。支持多种比对格式,包括 blast、minimap2、MUMmer 软件的输出结果,以及 LINKVIEW2 专属格式。支持多种绘图风格,自定义比对块颜色、highlight 某段区间、自定义比例尺...