e-value:比对结果的期望值,将比对序列随机打乱重新组合,与数据库进行比对,如果功能越保守,则该值越低; bit score:比对结果的bit score值。 第8 种:outfmt 7 这种格式基本与第7种一致,只不过每条序列加了说明信息,便于查看结果,相当于加了一个表头。 第9-10 种:outfmt 8/9 两种格式的编码方式是ASN.1,格式...
blast结果解读-Query 3.14.4. Query information Query information是对一个query 序列的基本信息描述。该部分包括 Name:Fasta序列对于序列描述的部分(见本文档部分说明)? Accession:接收号,或者location? Description:序列描述? Length:序列的长度? Database:用户使用的数据库信息? 3.14.5. Sequences producing significa...
在blast比对结果中,相似度一般指两条序列之间的同义突变和插入缺失事件的比例。较高的相似度通常说明两条序列具有较高的同源性,反之则说明两条序列差异较大。通过分析比对相似度,我们可以判断查询序列与目标序列之间的同源关系。 五、考虑比对范围 在解读blast比对结果时,我们还需要考虑比对的范围。比对范围包括整个序列...
BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询; TBLASTN 是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 BLASTX 相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 TBLASTX 是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6 条可能的蛋白...
BLAST比对结果的输出和解读 BLAST比对结果通过outfmt参数进行指定输出格式，总共有19种，下面详细介绍其内容和用途：第1种：outfmt 0 这是软件默认输出格式，类似于网页展示的比对结果，包含比对统计和序列信息，示例内容如下。第2种：outfmt 1 只保留序列比对信息，用.表示库中一致的碱基，不一致显示具体...
本文,小编将以“核酸序列BLAST的操作过程和结果解读”为例,做一说明。 1 BLAST网址 打开浏览器输入以下网址: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 见到以下界面后,顺手点击Nucleotide BLAST。 2 开始BLAST 点击Nucleotide BLAST,跳转至以下界面:
blast结果解读-Query 3.14.4. Query information Query information是对一个query序列的基本信息描述。该部分包括 Name:Fasta序列对于序列描述的部分(见本文档section1.2部分说明) Accession:接收号,或者location Description:序列描述 Length:序列的长度 Database:用户使用的数据库信息 3.14.5. Sequences producing significa...
在解读blast比对结果时,我们可以从几个关键方面入手,包括查询覆盖率、引物或探针匹配、E值、位点一致性和生物学含义等。本文将一步一步回答围绕着blast比对结果解读的几个主题。 一、查询覆盖率: 查询覆盖率是指待比对序列在blast比对中与数据库序列的匹配程度。查询覆盖率可以通过比对结果中的两个指标来评估,即比对...
NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计。 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致,Blast是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列,或者说是最相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪...