blast比对结果一般以文本文件形式输出,包括多个字段,如query序列ID、subject序列ID、比对得分、相似度等信息。以下是一个典型的blast比对结果的示例: Query_1 Subject_1 Score_1 Identity_1 Query_2 Subject_2 Score_2 Identity_2 Query_3 Subject_3 Score_3 Identity_3 其中,Query表示查询序列的ID,Subject表示目...
在解读blast比对结果时,我们可以从几个关键方面入手,包括查询覆盖率、引物或探针匹配、E值、位点一致性和生物学含义等。本文将一步一步回答围绕着blast比对结果解读的几个主题。 一、查询覆盖率: 查询覆盖率是指待比对序列在blast比对中与数据库序列的匹配程度。查询覆盖率可以通过比对结果中的两个指标来评估,即比对...
点击BLAST运行,等待,,, 检索结果显示 检索结果解读(重点看5、8、9三个指标) Description:如果结果中出现过多hypothetical protein假设蛋白、Unnamed protein product未命名蛋白、Putative uncharacterized protein(未表征蛋白)等结果,表明进行比对的数据库不太合适,检索结果意义不大。 Scientific...
根据比对结果,可以构建同源序列之间的系统发育树,以了解它们的进化关系。 在分析BLAST蛋白序列比对结果时,需要综合考虑上述因素,以确定比对结果的质量和生物学意义。必须注意的是,BLAST比对是基于序列的相似性,不一定总是反映蛋白的功能相似性。特别是对于低相似度的匹配,可能需要更多的生物学验证来确定它们之间的确切关系...
这一个是常见于绝大多数网站自行搭建的 BLAST 服务。比如拟南芥 TAIR 的 Blast 输出,大体如下, 清晰明了,对于少量序列,比如 一两个序列的 比对结果查看,那么这一格式非常合适。但一旦数据较多,比如我们上千个差异表达基因或者是关联出来的基因列表,那么就不太合适。于是一般会用 Table (--outfmt 6 或 7 ) ...
blast tab ,即 -outfmt 6 ASN XML 以下逐个解读。 Pairwise 格式 这一个是常见于绝大多数网站自行搭建的 BLAST 服务。比如拟南芥 TAIR 的 Blast 输出,大体如下, 清晰明了,对于少量序列,比如 一两个序列的 比对结果查看,那么这一格式非常合适。但一旦数据较多,比如我们上千个差异表达基因或者是关联出来的基因列表...
blast比对结果中的e值与p值关系的公式通常为:P = e * N,其中N为搜索的数据库大小(序列数)。这个公式用于估计在给定的数据库大小下,随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率。BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对算法。BLAST算法...
blastn -db test -query test.fa -outfmt 0 -out test.o0 通过outfmt参数指定输出格式,官方提供的输出格式是19种,以下是具体的介绍。 第1 种:outfmt 0 软件默认的输出格式,与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息,示例如下。
Blast比对结果解读需要根据具体情况和数据进行分析和解释。Blast比对是一种用于序列比对的常用工具,可以将待比对的序列与数据库中的序列进行比较,寻找相似性和相关性。以下是对Blast比对结果进行解读的常见步骤: 1.比对的参数:首先要了解使用的比对参数,如匹配得分、不匹配惩罚、开放缝隙惩罚和延伸惩罚等。这些参数将影响...
Blast结果解析 首先会看到一个表头,即本次比对的基本信息,如比对类型、序列长度、所选的数据库等等。如果所选的数据库不合适,请及时迷途知返哦。 接下来就是Blast的结果显示图(Graphic Summary):颜色比例尺,其中相似度从高到低排列分别为:红、紫、绿、蓝、黑,红色区域越多则表示有较好的比对结果。