BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。BLAST的操作流程 建立数据库→选择要对比提取的基因序列→从开始输入cmd进入dos系统→进入blast软件所在文件夹→建立索引查询同源核苷酸→提取核苷酸序列 数据库的建立 •从NCBI下载兰科编码
blastx:核酸序列对蛋白库的比对,先将核酸序列翻译成蛋白序列(根据相位可以翻译为6种可能的蛋白序列),然后再与蛋白库做比对。 blastn:核酸序列对核酸库的比对,直接比较核酸序列的同源性。 tblastn:蛋白序列对核酸库的比对,将库中的核酸翻译成蛋白序列,然后进行比对。 tblastx:核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对,将库...
BLAST算法（Basic Local Alignment Search Tool），是一种在生物信息学领域广泛使用的序列比对搜索工具。它是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发和管理的，主要功能是将输入的核酸或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对，以获得序列相似度等信息，进而判断序列的来源或进化关系。一、BLAST算法详述 1. 序列比对的...
直接将需要BLAST的序列粘贴到input文本框中，选择好输出文件的格式、文件名和位置点击start就可以开始了（超短序列需要选择short mode）。查看结果 选择Dot Plot会出现如下结果：这样就能看到BLAST所有结果的信息。提取对应序列需要使用tbtools中的Fasta Extract功能。点击Sequence→Fasta tools→Fasta Extract (Re...
BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。BLAST的操作流程 建立数据库 选择要对比提取的基因序列 从开始输入cmd进入dos系统进入blast软件所在文件夹建立索引查询同源核苷酸提取核苷酸序列数据库的建立 从NCBI下载兰科编码基因序列 (63条) ...
blast的时候加下面命令可以直接提取比对上的序列 -outfmt ' 6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send qseq sseq evalue bitscore'
hsp.sbjct 是比对上的序列,这里可能会有短线 可以用replace函数替换掉 expect 是e值 sbjct_start 和 sbjct_end是比对的起始和终止位置 query 是查询序列 query_start和 query_end是起始和终止位置 image.png 代码 handle = open("../../blast/query.xml",'r') ...
但是Biopython似乎无法直接提取出aligned sequense所以我是拿坐标重新会参考的序列提取的fromBio.SeqimportSeq...
安装好后,进入名为“bin”的文件夹,我用2.11版本的blast举例,由前人的文献我们知道了拟南芥的全部bZIP转录因子,我们想要知道毛果杨中的bZIP转录因子,其中一种方法就用拟南芥的bZIP成员进行blast比对。首先将这些拟南芥的bZIP转录因子的蛋白序列提取整理好成fasta格式的文件,将提取好的毛果杨4.0版本的全部蛋白质,二者都...
注意:目前新版本的nr库不在提供gi号,需要gi号的软件(如blast2go需要读取序列gi号)无法得到注释结果。 二、下载数据 # 1. 下载NR数据库(这种方法较慢,不推荐) wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz # 或者ascp方法下载索引文件(这种方法较快,推荐) ~/.aspera/connect/bin/ascp ...