（2）设置 BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE 变量，方法和前面一样。其值为 1000000，这是为了在本地创建数...
2. 建库结果 如果建立的是核酸库,输出为db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq三个文件,若选择了“-o T”,还会同时输出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四个文件,一共七个。 3. blastall 比对 blastall -p blastp -i seq.fa -d db.fa -o blast.out -F F -m 8 -e 1e-...
【blast教程】DNA(或氨基酸)本地blast数据库建立(用自己的数据建库)发布于 2022-01-26 13:00 · 1352 次播放 赞同添加评论 分享收藏喜欢 举报 数据库测序数据库技术数据库设计DNA 测序Illumina 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧...
The pre-formatted databases offer the following advantages: Pre-formatting removes the need to run makeblastdb; 无需再运行建库命令行 Species-level taxonomy ids are included for each database entry; Databases are broken into smaller-sized volumes and are therefore easier to download; Sequences in ...
本地blast 命令 首先对目标基因组建库,使用的命令为 makeblastdb; makeblastdb -ininput_file-dbtypemolecule_type-titledatabase_title-outdatabase_name-logfileFile_Name -in 后接输入文件,要建库的fasta序列 -dbtype 序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白
进行blast过程的第一步是要建库,涉及到的是上图的1、2、3三个部分。1是要求你的序列文件,基本类型是fasta格式(在这个操作中,请将文件路径以及名称中的空格去掉);2是对库进行命名,如果你的序列文件是蛋白质文件,那么这里填入的应该是“prot-”加上库的名称,如果是DNA序列文件,则应填入的是“nucl-”加库的名称...
第三步:Blast建库 (以下截图仅以核苷酸为例,如需要操作的是氨基酸序列,参数需相应修改) 假设:我们现在有两条序列(Seq1和Seq2),我们希望用blast方法比较两个序列。那么我们首先选择一条序列作为target(比对序列)建库。假设这里我们选择的是seq1序列作为target,其存储在seq1.fasta这个文件里。
1、建立参考数据库 核酸库: makeblastdb -inkm233118.fa -dbtype nucl 蛋白库: makeblastdb -inkm233118.fa -dbtype prot 另一种建库方式: makeblastdb -inkm233118.fa -dbtype nucl -parse_seqids makeblastdb-inkm233118.fa -dbtype prot -parse_seqids #多加的参数好像会多生成几个文件,但是具体...
**本地balst比对** 在该网站下载最新适合电脑系统的版本 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/ 安装点点点下一步 系统环境变量添加 ``` name: blastdb value: C:\Program Files\NCBI\blast-2.15.0+\doc ``` 运行 1. Windows + R 键入CMD确认 2. 设置运行目录(把数据库和比对文...
三、本地Blast。可以构建自定义数据库,也可以下载某些通用的数据库构建本地数据库,这取决于自己blast的目的。本文主要演示自定义数据库,但两者方法一样,通用数据库只是将数据库下载后建库。 1.首先需要准备需要比对的序列(fasta格式)和数据库序列(fasta格式),放在db文件夹下。这里准备的是蛋白序列。