blast 提供了多种参数选项,可以根据具体的研究需求进行调整,以达到最佳的比对结果。 2.1、算法参数 •word_size:该参数用于指定比对过程中使用的单词的长度。较大的值可以增加比对的灵敏度,但需要更多的计算资源和时间。默认值为 11。 •evalue:该参数用于设置期望值(E值),表示比对结果的期望误差数。较小的 E...
BLAST参数可以分为两类:搜索参数(search parameters)和输出参数(output parameters)。 2.1 搜索参数 搜索参数用于控制BLAST比对的敏感性和速度。常见的搜索参数包括: •-query:指定查询序列文件或序列字符串,可以是FASTA格式或GenBank格式。 •-subject:指定被比对序列文件或序列字符串,可以是FASTA格式或GenBank格式。
所以两个HSP的query length分别是 519-239+1=281,119-28+1=92,它们的和是373,而query序列的总长度为533,所以qcov=373/533≈70%, 即是第5列的内容。可以看到一对query/subject的所有HSP的qcovs都一样。 而qcovhsp是将每一个HSP都分别计算,用该HSP的query length除以query序列的总长度。上例中,两个HSP的...
-logfile:日志文件,默认输出到屏幕 更多参数 makeblastdb -help 2、比对 blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4 参数说明 -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径及文件名 -db:格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt:输出文件格式,总共有...
②主要参数介绍: -query: 输入文件路径及文件名; -out:输出文件路径及文件名; -db:数据库路径及数据库名; -task: 共五个程序选择'blastn' 'blastn-short' 'dcmegablast' 'megablast' 'rmblastn' ,默认megablast; 具体区别如下: blastn 完全匹配的传统blastn; blastn-short 优化查询:短于50个碱基; megabl...
blast 参数作为影响比对结果的关键因素,其设置的合理与否直接关系到研究结果的准确性和可靠性。本文将围绕 blast 参数的背景和作用、类型和设置、优化策略以及实例分析等方面展开讨论。 首先,我们需要了解什么是blast 参数。blast 参数是用于控制和调节 blast 程序运行过程中的各种设置,包括基本参数和高级参数。这些参数会...
blast参数 blastall2.2.25arguments:-pProgramName[String]-dDatabase[String]default=nr -iQueryFile[FileIn]default=stdin -eExpectationvalue(E)[Real]default=10.0 -malignmentviewoptions:0=pairwise,1=query-anchoredshowingidentities,2=query-anchorednoidentities,3=flatquery-anchored,showidentities,4=flat...
使用此参数 -F F 即可获得完整的比对 在对核苷酸或蛋白质序列数据库进行Blast搜索之前,必须要对所使用的序列数据库进行formatdb, 即对序列数 据库进行格式化,这是所有使用BLAST所必须的一步。 1.格式化序列数据库— —formatdb formatdb 简单介绍:formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA,而且不论是核苷酸序列数据...
前面建库有非常多的文章介绍,我这里就不重复了,下面会给出三条命令,自己试试看你个最合适,若是还不合适,你需要特定的参数,最好自己去查阅blast的说明和参数详解,并自己去尝试,虽然看似花时间,但有可能是最快的方法。 一般的用 blastn -query input.cds.fa(输入文件) -db refgenomic(库名) -max_target_seq...