1.本地BLAST的安装 2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一...
1. 软件安装 1.1 blast 下载安装 1.2 加入环境变量 2. 数据库下载或构建 2.1 从NCBI网站直接下载数据库 2.2 下载用于构建数据库的fasta文件 2.2.1 方法一 2.2.2 方法二 2.2.3 方法三 2.3 手动构建blast数据库 3. blast核酸序列比对 3.1 blast核酸序列比对流程 3.2 blast核酸序列比对-其它参数 3.3 双序列比对...
这里我们用ncbi-blast-2.7.1为例。 2、安装流程 下载完成后,双击.exe安装程序的进行安装,默认安装到C盘,但大部分人都不喜欢把软件安装到系统盘,所以我们在安装的过程中设置安装到G:\blast-2.7.1盘,并且生成bin和doc两个子目录,其中其中bin是程序目录, doc是文档目录,这样就安装完成。然后在目录下新建文件夹,重...
001、进入ncbi官网 002、点击blast 0 003、点击download blast 004、点击如下链接: 005、点击下载linux 64位: 下载链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 006、下载完成后,上传至linux系统 007、解压并进入命令目录 tar -xzvf ncbi-blast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz cd ncbi-b...
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),是一套在DNA数据库或蛋白质数据库中进行局部相似性比对分析的工具,其中包括blastn(核酸比核酸),blastp(蛋白比蛋白)和blastx(核酸比蛋白)、tblastn(蛋白比核酸)等工具。 2. 安装 2.1 利用conda安装 conda install blast ...
blast+的安装 1.程序下载:访问blast本地软件包链接blast_latest 下载适合自己系统的blast版本。 2.安装流程:下载完毕后,双击安装到C:\Blast,生成bin和doc两个子目录,其中bin是程序目录, doc是文档目录,这样就安装完成。 3.用户环境变量设置:右键点击“我的电脑”-属性,然后“高级系统设置”选项-“环境变量”,在...
一、软件下载以及安装 1.进入NCBI官网 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2.点击All Resources 3.Downloads 4.BLAST(Stand-alone) ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 5.根据电脑系统下载相应的安装包(*.exe) 6.双击安装,默认即可 ...
一、软件下载以及安装 1.进入NCBI官网 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2.点击All Resources 3.Downloads 4.BLAST(Stand-alone) ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 5.根据电脑系统下载相应的安装包(*.exe) 6.双击安装,默认即可 ...
在打开的命令提示符界面,输入“blastn”或者“makeblastdb”,如出现以下界面,代表blast安装成功。 Blastn正常界面: makeblastdb正常界面: 如未出现以上界面,或者报错,说明blast安装有问题,请重新回到第一步安装步骤操作。 第三步:Blast建库 (以下截图仅以核苷酸为例,如需要操作的是氨基酸序列,参数需相应修改) ...