3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一组工具的统称,它不仅可用于直接对核酸序列...
在使用Blast之前,首先需要准备查询序列。查询序列可以是DNA序列或蛋白质序列,可以通过实验测序或从已有的数据库中获取。确保查询序列的准确性和完整性非常重要,因为查询序列的质量将直接影响到Blast的结果。 2. 选择合适的Blast程序和数据库 Blast有多个版本和程序可供选择,根据具体的研究目的和需求,选择合适的Blast程序...
Apismellifera蜜蜂 2,粘贴fasta格式的序列(可以是多条奥!!)或使用Accession number(s)、gi(s)(注意仅使用数字,不加上标志符gi)。选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。其他选项不是必选的,如Job Title就是这次比...
Blast使用方法攻略 Blast使⽤⽅法攻略 结果12列 Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部⽐对算法的搜索⼯具"，由Altschul等⼈于1990年发布。Blast能够...
1. 作为名词的“爆炸”理解：在这种情境下，blast通常指的是一种强烈的爆炸声或者爆炸现象。例如，在描述炸弹爆炸或者火药爆炸时，可以使用blast这个词。2. 作为名词的“冲击波”理解：blast还可以用来形容一种强烈的冲击波或者气流。比如，在描述风暴或者雷鸣等自然现象时，可以用到...
BLAST使用教程BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)NCBI采用的一套对蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具(当然很多其它生物学数据库都提供了BLAST检索入口)。您只需提交您的序列,通过BLAST查询就顷刻间从公开数据库中无数的的序列里找到相似序列。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
3. 使用(以blastn为例) 3.1 两条序列进行比对 blastn -query<query.fa>-subject<subject.fa>-out<输出结果>-outfmt 0 -dust no 参数说明: 1. -query:需要查询的序列 2. -subject:靶标序列 3. -outfmt:输出格式,有多种格式可选,常用0和6。(默认:0) ...
从上一步中获得的blast结果的list,blast结果文件中只能提取比对上的相同字段,不能提取blast数据库中对应的整个蛋白序列,需要使用ID list来提取对应的序列,可以使用seqkit来进行提取seqkit grep -f ID.list name.db > blast.pep # -f 有ID列表的文件,name.db为你的数据库名字 ...
BLAST对于不同类型的序列有特定的应用程序：blastp针对蛋白质序列与蛋白质数据库的比对；blastn适用于核酸与核酸序列库的比对；blastx结合核酸与蛋白质序列库的比对；tblastn实现从蛋白质到核酸的比对，而tblastx则进行核酸间的比对。进入在线BLAST界面(blast.ncbi.nlm.nih.gov/...),选择需要特定物种进行...