3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一组工具的统称,它不仅可用于直接对核酸序列...
Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个氨基酸替换矩阵可选择,默认BLOSUM62。 对于短序列查询,建议使用PAM30矩阵(https://share.mubu.com/doc/3a3Wxo_Lzru)。 Gap costs(空位成本):空位分数包括打开罚分和延伸罚分,空位成本被设定为G(10,15),L(1,2),又叫仿射空位罚分。 Compositional adjustment(组成校正):一个...
BLAST的使用方法与参数选项调整 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对工具,可以用于搜索数据库中的序列,并找到与之相似的序列。以下是BLAST的基本用法: 1.选择BLAST软件:BLAST包括多种算法,如BLASTN、BLASTP、BLASTX、TBLASTN和TBLASTX等。根据需要搜索的序列类型,选择相应...
1、query序列的准备: 在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,将需要查询到的序列以fasta格式保存到中,我们已两条拟南芥的蛋白序列为例。 2、比对脚本的准备: 在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,使用blast的脚本: 相关参数说明: 程序执行命令,exe 前的程序根据自己的需要而换,包括blastn,blatp,tblast...
生信基础 | 使用BLAST进行序列比对 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 AI代码解释 ## 下载Blast wget-c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64...
要使用tblastn,您需要在BLAST平台上先下载和安装BLAST软件。然后,按照以下步骤使用tblastn:1. 准备查询序列:将您要搜索的蛋白质序列保存为一个文件,格式可以是FASTA或纯文本。...
BLAST使用方法 一、BLAST的安装和准备工作 2.获取待比对的序列文件,可以是FASTA格式的DNA或蛋白质序列。 二、BLAST的常用参数和选项 1. Program:指定使用哪种BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 2. Database:指定使用哪个数据库进行比对。 3. Query:指定待比对的序列文件。 4. E-value:期望值。一种描述比对结果...
序列相似性比较:就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是我出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等。 Blast主要程序 1.打开blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) ...
为了使用NCBI的BLAST进行基因序列查询，首先需要访问NCBI官方网站。登录后，在首页找到核酸数据库（nucleotide），点击进入。在核酸数据库页面，你可以选择BLAST工具进行序列比对。将你的基因序列输入查询框，选择合适的比对类型，然后点击提交开始比对。BLAST会根据输入序列，与数据库中的序列进行对比，返回比对...