-运行命令,BLAST将开始进行比对并生成结果文件。 2.网页方式(以NCBIBLAST为例): - 打开NCBI网站的BLAST页面(blast.ncbi.nlm.nih.gov)。 -选择需要使用的BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 -上传待比对的序列文件,或者粘贴序列文本到输入框中。 -选择适当的数据库和其他参数。 -点击“BLAST”
BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等,以及用于确定序列的功能和进化关系。本文将介绍BLAST的使用方法。 2. 准备序列:在使用BLAST之前,你需要准备你想要比较的序列。可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列,也可以使用你自己的实验数据。 3.选择数据库:...
方法/步骤 1 1.实现blast的下载与安装操作如下 2 2.实现用户环境变量设置操作如下 3 3.实现查看程序版本信息的操作如下 4 4.实现blast本地数据库的构建的操作如下 5 5.数据的格式化操作如下 6 6.实现格式化nr.fasta命令如下 7 7.实现blsat运行命令如下 ...
格式化数据库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 ...
NCBI的在线 BLAST:下边是详细操作方法 1,进入在线 BLAST界面,能够选择 blast 特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也能够选择 blast 全部的核酸或蛋白序列。不一样的 blast 程序上边已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。学习参照 .. . . .. 2,粘贴 fasta 格式的序列。选择一个要比对的数据库。对于数据库的...
•整合工具如Blast2GO或KEGGMapper,将序列匹配结果映射至代谢通路与功能网络。 五、案例研究:本地BLAST驱动的前沿发现 案例1:古DNA重建 某研究团队通过本地BLAST比对尼安德特人化石DNA与现代人类基因组,发现FOXP2基因的独特变异,为语言进化假说提供分子证据。本地化处理规避了跨境数据传输合规风险,并实现24小时内完...
下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种如人,小鼠,水稻等,也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列;不同的blast程序上面已经有了介绍;这里以常用的核酸库作为例子; 2,粘贴fasta格式的序列;选择一个要比对的数据库;关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明;一般的话参数默认; 3,blas...
一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 ...
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLASTBasic Local Alignment Search Tool是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST
《生物信息学检索》第三部分:NCBI网站BLAST使用方法介绍.ppt,Gene info: 17号染色体 功能注释:Gene Ontology 结论1 1. 该基因为人的BIRC5基因,染色体定位:17号染色体;基因标识符:NM_001168.2; 2. 初步的功能分析:细胞周期,GTP酶的抑制因子,等等。 NM_001168.2 获取