BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等,以及用于确定序列的功能和进化关系。本文将介绍BLAST的使用方法。 2. 准备序列:在使用BLAST之前,你需要准备你想要比较的序列。可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列,也可以使用你自己的实验数据。 3.选择数据库:...
-运行命令,BLAST将开始进行比对并生成结果文件。 2.网页方式(以NCBIBLAST为例): - 打开NCBI网站的BLAST页面(blast.ncbi.nlm.nih.gov)。 -选择需要使用的BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 -上传待比对的序列文件,或者粘贴序列文本到输入框中。 -选择适当的数据库和其他参数。 -点击“BLAST”按钮,等待比对完成。
basic local alignment search toollushan wang2010.11.24 1以生物学信息为主检索数据entrez 2以序列为主检索相关信息blast 生物信息学时代blast相当于分子生物学进代的pcr技
格式化数据库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 ...
1、NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST( Basic Local Alignment Search Tool )是一套在蛋白质 数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅 速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种 对相似性的统计说明。BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列...
使用BLAST有以下几个步骤: 1.准备查询序列:将待比对的DNA、RNA或蛋白质序列准备成文本文件,确保序列格式正确,并确保序列长度适合比对任务。 2. 选择数据库:根据研究需求,选择适当的数据库。BLAST提供了多个公共数据库,如NCBI的GenBank、RefSeq等数据库,以及其他一些专门的数据库。 3.运行BLAST:在命令行中输入BLAST...
1.BLASTN: BLASTN用于比对核酸序列(DNA或RNA)。它可以识别相似的核酸序列,并计算相似度和比对长度。通过对两个序列之间的匹配和错配进行比较,BLASTN可以找到最佳的比对结果。BLASTN对于找到相似的基因和寻找保守序列非常有用。 使用方法: a.输入待比对的核酸序列。 b.选择合适的数据库(如NCBI的NR数据库)。 c.选...
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST Basic Local Alig nment Search Tool是一套在蛋白质数据库或 DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似 性序列比较。B
NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl --showall 该命令会显示所有可供下载的blast数据库,请自行选择: 16SMicrobial ...
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLASTBasic Local Alignment Search Tool是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAS