1.本地BLAST的安装 2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一...
Blast是一种基于局部比对算法的工具,它可以在大规模的数据库中快速搜索相似的序列。通过比对查询序列和数据库中的序列,Blast可以找到相似度较高的序列,从而推测它们之间的功能和结构的相似性。 二、Blast的使用步骤 1. 准备查询序列 在使用Blast之前,首先需要准备查询序列。查询序列可以是DNA序列或蛋白质序列,可以通过...
BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等,以及用于确定序列的功能和进化关系。本文将介绍BLAST的使用方法。 2. 准备序列:在使用BLAST之前,你需要准备你想要比较的序列。可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列,也可以使用你自己的实验数据。 3.选择数据库:...
Blast的使用
生信技术分享:Blast工具的使用 #知识创作人 #生信分析 #生信人 #科研服务 #R语言 - 生信人于20240401发布在抖音,已经收获了4.2万个喜欢,来抖音,记录美好生活!
这是因为密码子的简并性。 blastn 比MEGABLAST 更为敏感是因为它使用一个短的默认字长11.所以 blastn 从其他物种寻找同源性比MEGABLAST 更好。blastn 字长可以从默认值调整至7来增加检索的敏感性 用相同字长检索在discontiguous MEGABLAST 的效率和敏感度要高于标准的blastn。
-运行命令,BLAST将开始进行比对并生成结果文件。 2.网页方式(以NCBIBLAST为例): - 打开NCBI网站的BLAST页面(blast.ncbi.nlm.nih.gov)。 -选择需要使用的BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 -上传待比对的序列文件,或者粘贴序列文本到输入框中。 -选择适当的数据库和其他参数。 -点击“BLAST”按钮,等待比对完成。
1.BLASTN: BLASTN用于比对核酸序列(DNA或RNA)。它可以识别相似的核酸序列,并计算相似度和比对长度。通过对两个序列之间的匹配和错配进行比较,BLASTN可以找到最佳的比对结果。BLASTN对于找到相似的基因和寻找保守序列非常有用。 使用方法: a.输入待比对的核酸序列。 b.选择合适的数据库(如NCBI的NR数据库)。 c.选...
blastn：核酸序列对核酸库的⽐对，直接⽐较核酸序列的同源性。tblastn：蛋⽩序列对核酸库的⽐对，将库中的核酸翻译成蛋⽩序列，然后进⾏⽐对。tblastx：核酸序列对核酸库在蛋⽩级别的⽐对，将库和待查序列都翻译成蛋⽩序列，然后对蛋⽩序列进⾏⽐对。Blast提供了核酸和蛋⽩序列之间所有可能...