1.本地BLAST的安装 2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一...
Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个氨基酸替换矩阵可选择,默认BLOSUM62。 对于短序列查询,建议使用PAM30矩阵(https://shar...
NCBI在线版Blast的使用指南如下：一、选择Blast类型 blastp：用于蛋白质序列之间的比对。 blastn：用于核酸序列之间的比对。 blastx：将核酸序列翻译成蛋白质后，进行蛋白质序列的比对。 tblastn：将蛋白质序列与核酸数据库中的翻译产物进行比对。 tblastx：将两种核酸序列翻译成蛋白质后，在蛋白质水平上进行...
一、在线使用NCBIBLAST NCBI提供了一个在线的BLAST界面,用户可以直接在浏览器中使用。具体步骤如下: 1. 打开NCBI网站,点击"Blast"选项卡,然后选择需要比对的序列类型,例如,DNA、蛋白质或者其他。 2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。或者,您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。 3.选择...
Blast是一种用于蛋白质数据库或DNA数据库中相似性比较的工具，能够迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST的结果通常以得分的形式呈现，这是一种对相似性的统计说明。Blast的算法是局部对齐算法，旨在找到两个序列中具有相似性的部分。BLAST有几种常用的程序，具体如下：1. BLASTP用于蛋白序列与蛋白库...
BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等,以及用于确定序列的功能和进化关系。本文将介绍BLAST的使用方法。 2. 准备序列:在使用BLAST之前,你需要准备你想要比较的序列。可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列,也可以使用你自己的实验数据。 3.选择数据库:...
这是因为密码子的简并性。 blastn 比MEGABLAST 更为敏感是因为它使用一个短的默认字长11.所以 blastn 从其他物种寻找同源性比MEGABLAST 更好。blastn 字长可以从默认值调整至7来增加检索的敏感性 用相同字长检索在discontiguous MEGABLAST 的效率和敏感度要高于标准的blastn。
NCBI在线版Blast的使用指南提供了详细的步骤和类型选择。首先，Blast有多种类型，包括blastp（蛋白质对蛋白质），blastn（核酸对核酸），blastx（核酸翻译后对蛋白质），tblastn（蛋白质对核酸翻译），以及tblastx（两种核酸翻译后的蛋白质水平比对）。基本操作涉及选择合适的Blast类型，输入fasta格式序列或...
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 访问NCBI官网进入BLAST页面，点击"BasicBLAST"进入基础比对模块。选择"核苷酸blast"或"蛋白质blast"，根据序列类型对应选择blastn、blastp等程序。将待分析序列粘贴至查询框，FASTA格式或纯序列均可识别，注意清除序列中非标准字符。数据库选择决定比对范围，nr数据库包含非冗余序列，refseq...