首先进行Blast类型的选择: blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询; blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询; blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库...
Blast是一种基于局部比对算法的工具,它可以在大规模的数据库中快速搜索相似的序列。通过比对查询序列和数据库中的序列,Blast可以找到相似度较高的序列,从而推测它们之间的功能和结构的相似性。 二、Blast的使用步骤 1. 准备查询序列 在使用Blast之前,首先需要准备查询序列。查询序列可以是DNA序列或蛋白质序列,可以通过...
1.本地BLAST的安装 2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一...
BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等,以及用于确定序列的功能和进化关系。本文将介绍BLAST的使用方法。 2. 准备序列:在使用BLAST之前,你需要准备你想要比较的序列。可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列,也可以使用你自己的实验数据。 3.选择数据库:...
使用conda安装即可,包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 2. 构建数据库 在比对前,需要先用参考序列文件创建数据库: makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index ...
安装本地BLAST包括下载、解压、设置环境变量和查看版本。使用需先格式化数据库，再进行序列比对，参数多样，如-evalue、-num_threads、-perc_identity等。网络版使用则通过网页选择程序、输入序列和搜索数据库。比对结果包括任务描述、高分匹配片段、E值排序、彩色相似度图和比对详细信息。BLAST提供高效、灵活的...
-运行命令,BLAST将开始进行比对并生成结果文件。 2.网页方式(以NCBIBLAST为例): - 打开NCBI网站的BLAST页面(blast.ncbi.nlm.nih.gov)。 -选择需要使用的BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 -上传待比对的序列文件,或者粘贴序列文本到输入框中。 -选择适当的数据库和其他参数。 -点击“BLAST”按钮,等待比对完成。
需要批量处理、对数据库有特殊要求。涉及序列隐私等情况可以下载使用单机版。 一、BLAST界面 网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ 二、Blastp检索 1.基本检索 1.1 enter query sequence(输入查询序列) query subrange(序列范围):默认全部 1.2 choose search set (选择搜索数据库) ...
1.BLASTN:BLASTN用于比对DNA序列。它可以将一个查询DNA序列与已知的DNA序列数据库进行比较,找到相似的序列。BLASTN通常用于物种鉴定、基因组注释和寻找同源基因等方面的研究。 2.BLASTP:BLASTP用于比对蛋白质序列。它可以将一个查询蛋白质序列与已知的蛋白质数据库进行比较,找到相似的蛋白质序列。BLASTP通常用于寻找同...