Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个氨基酸替换矩阵可选择,默认BLOSUM62。 对于短序列查询,建议使用PAM30矩阵(https://share.mubu.com/doc/3a3Wxo_Lzru)。 Gap costs(空位成本):空位分数包括打开罚分和延伸罚分,空位成本被设定为G(10,15),L(1,2),又叫仿射空位罚分。 Compositional adjustment(组成校正):一个...
Blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询;(1’) Blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询;(2’) Blastx:先将待查询的核酸序列按6种可读框架(逐个向前3个碱基和逐个向后3个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询;(2...
blastp对比出来的结果挑选原则 在使用BLASTP进行蛋白质序列对比时,可以根据以下原则选择结果: 1.保守性:选择与查询序列高度保守的相似序列作为候选。保守性指的是两个序列在演化中保留下来的相同或相似的氨基酸残基。一般来说,高度保守的序列具有更高的功能和结构相关性。 2.相对较长的比对区域:选择具有较长比对区域...
BLASTP检索步骤1.1 输入查询序列，可自定义序列范围，默认全部。1.2 选择搜索数据库，一般选择nr/nt，可根据需要选择特定物种。1.3 筛选程序选择，如期望值、单词长度等参数进行设定。2. 算法参数： - 基本参数如最大显示条目、短查询序列影响期望值和范围长度。 - 得分参数包括矩阵选择（如BLO...
blastp -db chicken.fa -query test.fa -out test.chicken.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 44 -word_size 2 -matrix PAM30 但出现了两个问题。 1. 首先,bit-score的阈值并不是期望的"20",而是"18"。 chicken 比对结果,箭头示bit-score阈值为18.0 ...
Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST,是一种更加高灵敏的Blastp程序,对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。当你使用标准的Blastp比对失败时,或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时("hypothetical protein" or "similar to..."),你可以选择PSI-BLAST重新试试。
blast比对结果中的e值与p值关系的公式通常为：P = e * N，其中N为搜索的数据库大小（序列数）。这个公式用于估计在给定的数据库大小下，随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对算法。BLAST算法...
百度试题 结果1 题目【题目】blastp是( ) A. 核酸-核酸比对 B. 蛋白-核酸比对 C. 核酸-蛋白比对 D. 蛋白-蛋白比对 相关知识点: 有机化合物 基本营养物质 油脂蛋白质 蛋白质 蛋白质的组成与性质 试题来源: 解析 【解析】D 反馈 收藏
blastp 快速比对注释基因,输出注释信息blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10 -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1... blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/...
BLASTp比对结果显示人GADPH蛋白亚型1(NP()001276675.1)与大肠杆菌K12的GapA蛋白(NP()416293.1)的这两条蛋白序列的同一性和相似性分别是()。答案: A、66%,80%B、50%,75%C、80%,66%D、50%,80%正确答案:66%,80% 点击查看答案 手机看题 你可能感兴趣的试题 问答题 甲公司为增值税一般纳税人,2×23年1...