点击选择“BLASTP",粘贴序列到规定地方。 点击“Algorithm paramerters"设置详细参数: 点击运行后,结果如下图,请注意数据库的名字和说明,如果不合适,请迷途知返哦~ Blast 的结果显示图:颜色比例尺,可以简单的理解为红色的线表示有较好的比对结果。 Blast 结果的描述区域, Max Score:匹配片段越长、 相似性越高则 ...
而在Blast结果的描述区域,两个衡量标准最为重要:Max Score和E值(E value),前者匹配片段越长,相似性越高则Score值越大;后者是得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。 而点击相应注释名称,又或者在结果显示图(Graphic Summary)中点击对应的线条,均可以查看比对结果的详细信...
第一个参数是用来搜索的blast程序,这是小写的字符串。对这个参数的选项和描述可以在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blast_program.shtml. 查到。目前qblast只支持 blastn, blastp, blastx, tblast 和 tblastx. 第二个参数指定了将要搜索的数据库。同样地,这个参数的选项也可以在http://www.ncbi.nlm.ni...
点击Algorithm parameters,可以展开BLAST的参数。Max target sequences:最多输出比对到的序列数目,根据实际需要设置;Expect threshold:E值,一般设置1e-5。设置完成后点击BLAST即可。 4,blast结果。在blast结果的描述区域(Descriptions)中:Query Cover:代表你的序列有多少比对到数据库中了。E value:表示随机匹配的可能性...
对于相同的比对任务,使用不同版本的数据库时,即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果,但是BLAST却返回不同的结果。而且以不同的方式对数据库进行排序,也会导致在将max_target_seqs参数设置为1时,BLAST返回不同的“top hit”。原文如下: To enable the efficient processing of large data sets, researchers frequently...
Max Score（最高分）和Total Score（总分）：表示检索结果中命中序列的最高分和总分。分数越高，表示命中序列与查询序列（也称做Query）的亲缘关系就越近，当最高分和总分不同时，表示命中序列有多个不同的片段与查询序列相匹配。最高分表示命中序列中得分最高的片段。总分表示所有片段得分的总和。Query ...
blast+参数BLAST程序的参数有很多,以下是一些常用的参数: - -p Program Name [String]:该参数p代表的是“program”,用来选择程序。其包含五个选项: blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx。(1) -p blastp:用蛋白质序列搜索蛋白质序列库。(2) -p blastn:用核酸序列搜索核酸库。(3) -p blastx:核酸...
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便 个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数。 1、 例子: blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 num_threads 4 -outfmt format "7 qa...
-m 0:默认参数,显示query和subject两两比对的信息 -m 1:显示query在所有subjects上的定位信息,并显示一致性比对信息,subject之间不同的碱基/氨基酸会被标出 例:用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt ...
目前多数是win32的BLAST程序的的安装:解压缩到某个文件夹自动生成三个文件夹—bin、data和docWindows系统下BLAST程序的安装[NCBI]DATA="D:\blast\data"C:\WINDOWSncbi.ini保存为保存位置Windows系统下BLAST程序的安装Windows系统下BLAST程序的运行BLAST程序的参数1、-pProgramName[String]该参数p代表的是“program”,...