#顺序1 cat query.fa query3.fa test1.fa > test5.fa makeblastdb -in test5.fa -out test/test5 -dbtype nucl blastn -query query.fa -db test/test5 -outfmt 6 -max_hsps 1 # 结果如下 query1 query3 100.000 100 0 0 1 100 1606 1705 8.11e-50 185 query1 query1 100.000 100 0 0 ...
点击选择“BLASTP",粘贴序列到规定地方。 点击“Algorithm paramerters"设置详细参数: 点击运行后,结果如下图,请注意数据库的名字和说明,如果不合适,请迷途知返哦~ Blast 的结果显示图:颜色比例尺,可以简单的理解为红色的线表示有较好的比对结果。 Blast 结果的描述区域, Max Score:匹配片段越长、 相似性越高则 ...
而在Blast结果的描述区域,两个衡量标准最为重要:Max Score和E值(E value),前者匹配片段越长,相似性越高则Score值越大;后者是得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。 而点击相应注释名称,又或者在结果显示图(Graphic Summary)中点击对应的线条,均可以查看比对结果的详细信...
2. 可能遗漏远源序列：标准BLAST在追求速度的同时可能会牺牲一定的准确度，有时可能会遗漏一些远源序列。3. 对参数敏感：BLAST算法的结果可能对种子长度、打分矩阵和阈值等参数设置较为敏感，不同的参数设置可能会影响搜索结果。4. 局部比对限制：BLAST主要关注局部比对，可能无法找到全局上的最优比对结果。5. 统计显...
我们使用Bio.Blast.NCBIWWW模块的函数qblast()来调用在线版本的BLAST。 这个函数有3个必需的参数: 第一个参数是用来搜索的blast程序,这是小写的字符串。对这个参数的选项和描述可以在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blast_program.shtml. 查到。目前qblast只支持 blastn, blastp, blastx, tblast 和 tblas...
点击Algorithm parameters,可以展开BLAST的参数。Max target sequences:最多输出比对到的序列数目,根据实际需要设置;Expect threshold:E值,一般设置1e-5。设置完成后点击BLAST即可。 4,blast结果。在blast结果的描述区域(Descriptions)中:Query Cover:代表你的序列有多少比对到数据库中了。E value:表示随机匹配的可能性...
Max Score（最高分）和Total Score（总分）：表示检索结果中命中序列的最高分和总分。分数越高，表示命中序列与查询序列（也称做Query）的亲缘关系就越近，当最高分和总分不同时，表示命中序列有多个不同的片段与查询序列相匹配。最高分表示命中序列中得分最高的片段。总分表示所有片段得分的总和。Query ...
对于相同的比对任务,使用不同版本的数据库时,即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果,但是BLAST却返回不同的结果。而且以不同的方式对数据库进行排序,也会导致在将max_target_seqs参数设置为1时,BLAST返回不同的“top hit”。原文如下: To enable the efficient processing of large data sets, researchers frequently...
blast+参数BLAST程序的参数有很多,以下是一些常用的参数: - -p Program Name [String]:该参数p代表的是“program”,用来选择程序。其包含五个选项: blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx。(1) -p blastp:用蛋白质序列搜索蛋白质序列库。(2) -p blastn:用核酸序列搜索核酸库。(3) -p blastx:核酸...