2. 可能遗漏远源序列：标准BLAST在追求速度的同时可能会牺牲一定的准确度，有时可能会遗漏一些远源序列。3. 对参数敏感：BLAST算法的结果可能对种子长度、打分矩阵和阈值等参数设置较为敏感，不同的参数设置可能会影响搜索结果。4. 局部比对限制：BLAST主要关注局部比对，可能无法找到全局上的最优比对结果。5. 统计显...
coverage的计算可能会受到BLAST搜索策略和参数设置的影响,例如,使用不同的数据库、E-value阈值或者比对算法可能会影响最终的coverage结果。 (其实,我对于这个coverage中,alignment length” 比对结果中实际匹配上的序列长度还比较迷惑,我的疑惑在于会推翻我前文的计算公式里的57,我认为Query 实际总长是否应为58或者55,因...
Max Score（最高分）和Total Score（总分）：表示检索结果中命中序列的最高分和总分。分数越高，表示命中序列与查询序列（也称做Query）的亲缘关系就越近，当最高分和总分不同时，表示命中序列有多个不同的片段与查询序列相匹配。最高分表示命中序列中得分最高的片段。总分表示所有片段得分的总和。Query ...
接下来就是Blast的结果显示图(Graphic Summary):颜色比例尺,其中相似度从高到低排列分别为:红、紫、绿、蓝、黑,红色区域越多则表示有较好的比对结果。 而在Blast结果的描述区域,两个衡量标准最为重要:Max Score和E值(E value),前者匹配片段越长,相似...
Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个氨基酸替换矩阵可选择,默认BLOSUM62。 对于短序列查询,建议使用PAM30矩阵(https://shar...
参数解读: 1、E-value(期望值): E-value是一个衡量比对结果的期望随机发生次数的指标。它表示在进行大量随机比对的情况下,期望得到与查询序列的比对相似性至少一样好(或更好)的结果的次数。 较小的E-value表示比对结果的相似性更显著和显著。通常,E-value小于某个预设的阈值(例如0.001或0.05)被认为是显著的比对...
-自己的理解:Blast结果参数计算是一个综合考虑多种因素的过程,不同的计算方法适用于不同的场景和需求。基于位点逐个计算是最基础的方法,但在处理复杂情况或大规模数据时效率较低。矩阵计算方法有助于直观地展示比对情况,但需要更多的空间和时间来构建矩阵。分组计算和从空位角度计算可以简化计算过程,通过合理的划分和分...
点击“Algorithm paramerters"设置详细参数: 点击运行后,结果如下图,请注意数据库的名字和说明,如果不合适,请迷途知返哦~ Blast 的结果显示图:颜色比例尺,可以简单的理解为红色的线表示有较好的比对结果。 Blast 结果的描述区域, Max Score:匹配片段越长、 相似性越高则 Score 值越大。
二、blast 参数的类型和设置 1.基本 blast 参数 2.高级 blast 参数 三、blast 参数的优化策略 1.根据查询序列优化参数 2.根据数据库优化参数 四、blast 参数的实例分析 1.实例一:基本 blast 参数的使用 2.实例二:高级 blast 参数的使用 五、blast 参数在生物信息学研究的意义 1.提高比对准确率 2.提升研究效...