blastp的参数包括查询序列、数据库、比对算法、阈值等。下面将逐一介绍这些参数及其功能。 1. 查询序列:blastp的第一个参数是要比对的查询序列,可以是一条蛋白质序列,也可以是一个蛋白质序列文件。查询序列可以通过命令行输入,也可以通过文件导入。 2. 数据库:blastp的第二个参数是要比对的数据库,可以是本地数据...
2.比对 上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化的blast中该如何设置? 1)-num_alignments 2)-max_target_se...
BLASTP检索步骤1.1 输入查询序列，可自定义序列范围，默认全部。1.2 选择搜索数据库，一般选择nr/nt，可根据需要选择特定物种。1.3 筛选程序选择，如期望值、单词长度等参数进行设定。2. 算法参数： - 基本参数如最大显示条目、短查询序列影响期望值和范围长度。 - 得分参数包括矩阵选择（如BLO...
在使用BLASTP进行蛋白质序列对比时,可以根据以下原则选择结果: 1.保守性:选择与查询序列高度保守的相似序列作为候选。保守性指的是两个序列在演化中保留下来的相同或相似的氨基酸残基。一般来说,高度保守的序列具有更高的功能和结构相关性。 2.相对较长的比对区域:选择具有较长比对区域的相似序列。较长的比对区域通常...
blastp -db chicken.fa -query test.fa -out test.chicken.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 44 -word_size 2 -matrix PAM30 但出现了两个问题。 1. 首先,bit-score的阈值并不是期望的"20",而是"18"。 chicken 比对结果,箭头示bit-score阈值为18.0 ...
BLASTP(Basic Local Alignment Search Tool,简称BLAST)是一种在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。它可以迅速与公开数据库进行相似性序列比较,结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLASTP的使用方法如下: 1.输入需要检测的蛋白质序列,可以使用单字母简写。 2.输入两个数值,以确定检测范围...
blastn-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-max_target_seqs6-outresult #-evalue为阈值,-outfmt为输出格式,-max_target_seqs为最大匹配基因对个数 blastp makeblastdb-ina.fasta-dbtype prot-outa_db #建参考蛋白序列索引 blastp-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-outresult-max_...
blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10 -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1... blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_...
A: 选择合适的BLASTp参数对于提高比对结果的准确性至关重要,用户应根据研究目的和数据库的特点来调整期望值(E-value)和匹配得分阈值等参数,较低的E-value可以减少无关匹配的出现,但可能会错过一些真实的匹配;而较高的E-value则可能增加过多无关匹配,用户还可以尝试使用不同的替换矩阵和空位罚分来优化比对结果,建...