一、参数1:query query是blastp中的一个重要参数,用于指定要比对的蛋白质序列。用户可以将蛋白质序列直接输入到query参数中,也可以将包含蛋白质序列的文件路径作为query参数的值。 二、参数2:db db参数用于指定已知蛋白质序列数据库的路径,blastp将在该数据库中搜索与query序列相似的序列。用户需要提前下载或构建好蛋...
1.1 enter query sequence(输入查询序列) query subrange(序列范围):默认全部 1.2 choose search set (选择搜索数据库) 一般选择nr/nt数据库 organism:选择物种 1.3 program selection(筛选程序选择) 2. algorithm parameter (算法参数) 2.1 general parameters(基本参数) Max target sequence(显示条目):默认100,可以...
具体来说,BLASTP的命令行参数包括-query用于指定要检索的序列文件,-db用于指定检索的数据库,-out用于将检索结果输出为单独文件等。此外,-evalue参数用于筛选evalue小于指定值的序列,是控制结果质量的重要参数。-outfmt参数则用于设置结果显示格式,方便研究人员进行后续的数据处理和分析。 BLASTP的结果...
#blastp参数cat pepid|whileread iddoblastp-db pep/$id.fa \-query sorted.fasta \-out bp/$id.bl \-evalue1e-10\-best_hit_overhang0.25\ #-perc_identity0.5\-perc_identity0.5\-max_target_seqs5\-num_threads10-outfmt6#-outfmt"6 qacc sacc evalue pident length qstart qend sstart send"#b...
blastp -query query.fasta -db database -out result.txt 其中,query.fasta是含有查询序列的文件名,database是目标数据库的名称。-out参数指定了结果输出的文件名。 在blastp运行过程中,会根据预设的参数进行局部比对、打分和评估。使用者可以根据需要设置一些参数以优化比对结果。 - evalue是一个重要的参数,它代...
分，分值越高，两个序列相似性越高EValue值越小，越可信，相对的一个统计值。Length输入序列的长度Identities一致性，就是两个序列有多少是一样的Query代表输入序列Sbjct代表数据库中的序列 比对结果 点击BLAST，开始工作 此次比对的标题，优先为输入值，若没有填写则可能为输入fasta序列头，若无...
\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd=blastp_path, query=q, db=database, evalue=0.001, outfmt=5, out=result)如果你现在这样做,print(blastp_cline)它应该打印...
blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs 6 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名(.fasta格式); -out: 输出文件路径及文件名(.blast); -db: 格式化了的数据库路径及数据库名(数据库可以从PDB/NCBI里下载所有的相关/整...
Length 输入序列的长度 Identities 一致性,就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列 Sbjct 代表数据库中的序列 此次比对的标题,优先为输入值,若没有填写则可能为输入fasta序列头,若无序列头,则由NCBI自动生成。 序列的信息,包括标识号、描述信息、类型、长度 查看其他报告,比如摘要、分类、距离树、结构、多...