建库结束后就可以开始diamond的运行了,最基本的使用方法: diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt --query/-q:输入检索序列(蛋白序列) --out/-o:输出文件,默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致 diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt --query/-q:输...
-e1e-5# 比对得分期望的E值为0.00005-d~/database/blastDB/nr/diamond/nr # nr数据库-q~/lncrna/test/filter4_by_pfam_exon.fa # 待比对fasta序列-f6# 输出格式6-o./dna_matches.txt 输出文件 四、结果解读 DIAMOND默认设置下输出表格格式的结果。结果分12列,其结果信息和BLAST默认设置-outfmt 6输出的...
...1)使用DIAMOND软件将 Unigenes 与各功能数据库进行比对(blastp,evalue ≤ 1e-5) 2)比对结果过滤:对于每一条序列的 比对结果,选取 score 最高的比对结果(one...HSP > 60 bits)进行后续分析 Function/DIAMOND/diamond blastp -q Unigenes_50.fa -d database/COG/cog_clean.fa...
第二步 :比对, 比对可以是blastx也可以是blastp,下面以blastp为例blastx一样处理 E:\master\group_classification\2018\perl and flow 2\ref_num\ --db/-d 输入比对数据库 --query/-q 比对序列 --threads/-p 线程数 --out/-o 输出文件 --outfmt/-f 输出文件格式 输出的文件格式介绍: 0 BLAST pair...
DIAMOND默认设置下输出表格格式的结果。结果分12列,其结果信息和BLAST默认设置-outfmt 6输出的格式完全一致。 1. query序列ID 2. subject序列ID 3. Identity百分比 4. 匹配长度 5. 错配长度 6. 打开Gap的次数 7. query序列起始位点 8. query序列结束位点 ...
第二步:比对, 比对可以是blastx也可以是blastp,下面以blastp为例blastx一样处理 E:\master\group_classification\2018\perl and flow2\ref_num\ --db/-d输入比对数据库 --query/-q比对序列 --threads/-p 线程数 --out/-o输出文件 --outfmt/-f输出文件格式 ...
-p blastp:蛋白序列与蛋白库做比对。 -p blastx:核酸序列对蛋白库的比对。 -p blastn:核酸序列对核酸库的比对。 -p tblastn:蛋白序列对核酸库的比对。 3.-F 参数 -F(T/F)参数是用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。如果选“T”,程序在比对过程中会屏蔽query中的简单重复和低复杂度序列;选"F"则不会屏...
第二步 :比对, 比对可以是blastx也可以是blastp,下面以blastp为例blastx一样处理 E:\master\group_classification\2018\perl and flow 2\ref_num\ --db/-d 输入比对数据库 --query/-q 比对序列 --threads/-p 线程数 --out/-o 输出文件 --outfmt/-f 输出文件格式 输出的文件格式介绍: 0 BLAST pair...