CUT&Tag-qPCR方案目前做CUT&Tag-qPCR时，有两种，一种是蛋白酶K消化和gDNA提取后直接qPCR实验，一种是完成建库后进行qPCR。这两种方式都有文献可参考。目前翌圣更推荐完成建库后进行qPCR实验。qPCR 定量检测 qPCR试剂以翌圣的Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix（Cat#11184）为例。反应体系...
由于应用方向和技术原理的相似性,CUT&Tag-qPCR的数据计算方式和结果体现形式可以参照ChIP-qPCR。ChIP-qPCR两种主流的计算方法包括Percent Input法和Fold Enrichment法。Percent Input法需要引入CUT&Tag实验流程并不需要的Input,因此不适用于CUT&Tag-qPCR的实验结果计算。Fold Enrichiment法引入了IgG,IgG理论上是不能特异...
一:CUT&Tag实验结果进行qPCR分析 CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎*一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。
CUT&tag-qPCR时,用spike in校正后,可以很明显看到,如果没有spike in校正,不同投入量细胞进行CUT&tag实验,同一基因qPCR后富集倍率差异较大,但是spike in校正后,基因的富集倍率受投入量影响较少。另外,在CUT&tag实验中,一些低富集的基因,可能因实验因素导致CUT&tag-qPCR显示不富集,但是spike in校正后,低富集的基因...
文章中CUT&Tag-qPCR实验使用翌圣CUT&Tag试剂盒(Cat#12598)完成。文章见刊后,不少客户咨询植物细胞核处理步骤,在此,小翌借花献佛列出该文章提核的操作步骤,期望能帮助更多植物客户解决样本预处理问题。 植物提核步骤 大豆根瘤通常含有大量的共生根瘤菌,在实验时,容易造成细菌污染,本文作者开创性的在CUT&Tag实验时...
CUT&Tag实验回收的样本不能用于qPCR检测。5.CUT&Tag是否可以用于标签蛋白？可以。6.CUT&Tag文库的质控标准是什么？CUT&Tag文库生成后，应通过TapeStation 或 Bioanalyzer来评估文库的质量，Qubit测定文库的浓度，文库的常见图谱可见图2和图3。7.细菌样本是否可以做CUT&Tag实验？Con A beads通过结合糖蛋白与细胞膜结合...
CUT&Tag本质上是一种用来替代传统的ChIp-seq探索DNA-蛋白质互作的技术,与ChIp-seq一样,可以进行ChIP-qPCR分析或者测序后mapping分析。对于CUT&Tag实验,打断之后的片段如果不进行测序分析也可以直接qPCR,分析靶蛋白结合情况。当然,CUT&T...
ChIP qPCR表明靶基因启动子区H3K18la富集增加，RT-qPCR结果证实了乳酸处理后靶基因表达上调（图4D和4E）。同时，FX-11显著抑制BMDM中的细胞内乳酸和H3K18la水平（图4F和4G）。ChIP qPCR和RT-qPCR表明FX-11治疗后H3K18la强度和靶基因表达降低（图4H和4I）。乳酸盐处理组的促炎M1巨噬细胞的百分比显著降低，而FX...
CUT&RUN qPCR实验操作演示(HD101) 09:05 ELISA 实验注意事项 02:41 A112 TUNEL细胞凋亡检测(细胞爬片样本)实验操作演示 05:09 Western Blot(蛋白质印迹法,WB)实验操作演示 10:42 A112 TUNEL细胞凋亡检测(石蜡切片样本)实验操作演示 05:05 CUT & Tag 实验注意事项 03:06 CUT&Tag实验操作演示(TD903...
一共在994个基因中获得了1,093个结合峰,超过80%的这些结合峰位于拟南芥基因的启动子区域(< 2kb)(图5A),几个结合峰CUT&Tag-qPCR结果的显著富集证实了CUT&Tag-seq的可靠性(图5B)。此外,对BBX29结合峰周围序列的基序富集分析,发现了两个显著富集的motif,一个是众所周知的与B-box结构域蛋白结合的G-box元件,...