Percent Input法需要引入CUT&Tag实验流程并不需要的Input,因此不适用于CUT&Tag-qPCR的实验结果计算。Fold Enrichiment法引入了IgG,IgG理论上是不能特异性富集任何DNA片段,因此IgG可以作为阴性对照参与计算富集倍率,这不仅能够用于对照组和处理组相对富集倍率的计算,也能够满足单组单基因的富集验证,计算方法与常规qPCR类似...
CUT&Tag-qPCR方案目前做CUT&Tag-qPCR时，有两种，一种是蛋白酶K消化和gDNA提取后直接qPCR实验，一种是完成建库后进行qPCR。这两种方式都有文献可参考。目前翌圣更推荐完成建库后进行qPCR实验。qPCR 定量检测 qPCR试剂以翌圣的Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix（Cat#11184）为例。反应体系...
从以上研究案例可知，CUT&Tag技术可以识别全基因组中目标蛋白占据的位置的序列信息，这种目标蛋白包含各类组蛋白和转录因子，同时还可以研究染色质本身的特殊结构（G4）。所要求的条件需要有相对应的抗体。CUT&Tag文库质检要求 CUT&Tag文库的特征与常见的转录组或基因组文库不同，它通常与所研究的蛋白有关，文库峰图...
CUT&Tag的实验流程更简单,所需的细胞量可以比CUT&RUN更低,CUT&Tag适用于大多数非异染色质组蛋白的研究,也适用于多数转录因子的研究,其应用场景更广。 而CUT&RUN更适用于异染色质区的组蛋白标记(H3K9me2/3)和先锋转录因子的研究。另外,由于对转录因子的分辨率更高,CUT&RUN-qPCR是传统ChIP-qPCR的理想替代者。
通过基于qPCR的检测,每个样本文库的量化需要与标准DNA标准曲线进行比较。然后可以从标准曲线上确定文库的浓度。 由于摩尔浓度取决于DNA片段的大小,这对许多单峰文库来说是准确且可行的,但ATAC-Seq和CUT&Tag文库往往有多个峰值,这可能使确定工作浓度变得有点棘手。 此时,我们需要看一下大部分的片段在哪里,或者样品中的...
E-I：CUT&Tag、ChIP-qPCR和RT-qPCR结果显示，LSD1和H3K4me2都直接结合到 Atg16l2 启动子，LSD1缺失...
你还可以检查一个你不期望富集的DNA区域,因此也不期望通过qPCR扩增,以证明你的ChIP是特异的(阴性对照)。 请注意,你不能对CUT&RUN文库进行qPCR,因为片段太短。请参见下面的阳性对照选项。 如果你没有已知的蛋白质靶点,可以设置一个阳性对照ChIP。组蛋白H3或H3K4me3通常效果非常好。由于大多数转录起始位点(TSS)上都...
一般来讲能做ChIP或CUT&Tag的抗体可以用于CUT&RUN,特别是能做CUT&Tag的抗体基本都可以用来做CUT&RUN,不过我们确实也发现过某些抗体做ChIP效果很好,但是CUT&RUN效果不太理想。我们首先建议使用Active Motif CUT&RUN验证抗体列出的抗体进行CUT&RUN实验, 如果没有合适的抗体可供选择,可以优先选择能做ChIP或CUT&Tag的抗...
产品名称 Hieff NGS® DNA Spike in Mix for CUT&Tag 产品规格 48 T 用途范围 仅做科研,不用于临床 是否进口 否 加工定制 否 商品货号 12596ES 商品规格 48 T 生产厂家 翌圣生物科技(上海)股份有限公司 规格编码 12596ES48 最小起订量 1.00 发货地 上海 售卖区域 全国 可售卖地 全国 类型...
qpcr配置及点样 ✅qpcr配制 前面的视频已经提过了,qpcr需要mix、模板、引物,不足的用水补充,我们做的时候一般把模板单独加,先配置除了模板以外的体系。配制的时候加10%左右配制以防不够。 (我这儿是10ul体系,大家也可以配20ul体系哦) 体系 10ul mix 5ul 引物 0.25ul 水 3.5ul 模板 1ul ✅点样 枪头...