PCR产物经过1.3X磁珠进行纯化，再经Agilent 2100分析仪(Agilent Technologies)用Quant-iTTM dsDNA HS分析试剂盒(Invitrogen，MA，USA)和qPCR对文库进行片段范围及有效浓度检测。3、文库质检 我们对文库的质检主要包括2种方法：(1) Agilent 2100对文库的插入片段长度进行检测，检测是否有接头二聚体污染等 (2) Qubit或...
CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。 二:CUT&Tag实验结果进行高通量测序(NGS)分析 CUT&Tag本身是一种高通量测序技术,zui终所获取的实验结果也是测序文...
在CUT&Tag实验中,作者发现GhS4G20是GhLYI的一个靶基因,并且通过Y1H(A)、EMSA(B)、Dual-LUC(C)以及RT-qPCR(D)实验证实GhLYI可以直接结合到SAG20的启动子上并诱导它的表达。 pCUT&Tag 利用CUT&Tag进行转录因子结合位点鉴定时需要获得稳定的转基因材料,而获得稳定的转基因材料往往是费时的,因此基于原生质体体系...
CUT&Tag技术已被广泛应用于不同物种中，用来绘制组蛋白修饰和转录因子的图谱，帮助理解它们与各种生理和病理过程之间的关联，促进解析目标蛋白在疾病发展、细胞功能及生命过程的调控机制。在研究中，CUT&Tag结果通常会与RNA-seq结合，分析目标蛋白结合位点附近的基因表达水平，尤其是启动子或增强子区域的靶基因，探究其对...
(G-H) NEIL1和 SATB2 的 CUT&Tag RT-qPCR 分析 (I) 在NEIL1过表达诱导细胞和对照细胞中,COL17A1启动子的荧光素酶报告基因结果 (J)NEIL1 蛋白和COL17A1启动子(-500 至 -1,000)之间直接相互作用的EMSA分析 (K)含有c-Myc结合位点的COL17A1启动子的示意图 ...
一:CUT&Tag实验结果进行qPCR分析 CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。
ChIP-qPCR和RT qPCR结果表明，鱼藤酮显著增加了乳酰化修饰和乳酰化靶基因Lrg1、Vegf-a和IL-10的表达（图6H和6I）。相反，DCA处理后，BMDMs的细胞内乳酸和H3K18la水平降低。向DCA处理的细胞中重新添加乳酸盐成功地恢复了细胞内乳酸盐、组蛋白乳酸化水平和H3K18la修饰基因的表达（图6J至6M）。为了进一步验证细胞外...
图11 GhLYI直接调节GhSAG20的表达 (Zhang et al., 2023)。在CUT&Tag实验中,作者发现GhS4G20是GhLYI的一个靶基因,并且通过Y1H(A)、EMSA(B)、Dual-LUC(C)以及RT-qPCR(D)实验证实GhLYI可以直接结合到SAG20的启动子上并诱导它的表达。 pCUT&Tag ...
Percent Input法需要引入CUT&Tag实验流程并不需要的Input,因此不适用于CUT&Tag-qPCR的实验结果计算。Fold Enrichiment法引入了IgG,IgG理论上是不能特异性富集任何DNA片段,因此IgG可以作为阴性对照参与计算富集倍率,这不仅能够用于对照组和处理组相对富集倍率的计算,也能够满足单组单基因的富集验证,计算方法与常规qPCR...
(1)CUT&Tag实验结果进行qPCR分析 事实证明,CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA...