CUT&Tag技术的核心是pAG-Tn5融合蛋白（ChiTag），其中Protein AG能够结合抗体。在进行CUT&Tag实验时，首先将细胞与磁珠混合，然后进行靶蛋白特异性抗体（一抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，接着进行二抗孵育。最后孵育pAG-Tn5转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在...
一:CUT&Tag实验结果进行qPCR分析 CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。 二:CUT&Tag...
CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。 二:CUT&Tag实验结果进行高通量测序(NGS)分析 ...
从客户文章来看,近岸蛋白质CUT&Tag试剂盒的实验结果可以有两种分析手段,或者进行qPCR,检测目的条带的富集情况;或者进行高通量测序(NGS)进行深入分析。 (1)CUT&Tag实验结果进行qPCR分析 事实证明,CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Ta...
一:CUT&Tag实验结果进行qPCR分析 CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。
作者建立了两个生物学重复,用于H3K4me3抗体的CUT&Tag反应,以IgG抗体的CUT&Tag反应作为对照,并采用相同的材料进行H3K4me3抗体ChIP实验,以不添加H3K4me3抗体的ChIP反应作为对照,对CUT&Tag组和ChIP组进行相关性分析,发现CUT&Tag与IgG对照的相关性非常低(r=0.01),而ChIP-seq组与对照组的相关性高(r=0.89),表明CUT&Tag...
CUT&Tag-qPCR方案目前做CUT&Tag-qPCR时，有两种，一种是蛋白酶K消化和gDNA提取后直接qPCR实验，一种是完成建库后进行qPCR。这两种方式都有文献可参考。目前翌圣更推荐完成建库后进行qPCR实验。qPCR 定量检测 qPCR试剂以翌圣的Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix（Cat#11184）为例。反应体系...
H&E和HA染色的肝脏切片实验及RT-qPCR分析进一步证实了这个结果（图5b-d）。案例小结 该篇文章主要做了如下工作：1）通过CUT&Tag的方法分析了H3K36me3在未交联细胞中的分布情况，发现H3K36me3也在基因体区域之外的启动子处富集，并利用Native ChIP-seq对结果进行了验证。2）通过对多个候选基因的大规模敲除筛选...
CUT&Tag本质上是一种用来替代传统的ChIp-seq探索DNA-蛋白质互作的技术,与ChIp-seq一样,可以进行ChIP-qPCR分析或者测序后mapping分析。对于CUT&Tag实验,打断之后的片段如果不进行测序分析也可以直接qPCR,分析靶蛋白结合情况。当然,CUT&Tag技术是一种建库试剂盒,其包含ChIP和文库构建两部分,大大提高了实验效率。
筛选具有上调的H3K18la修饰的前30个基因，并根据转录上调进行排序；Lrg1是最显著上调的（图3I）。因此，作者将Vegf-a、IL-10和Lrg1作为乳糖基化的潜在靶基因（图3J）。RT-qPCR和ChIP-qPCR分析表明Vegf-a、IL-10和Lrg1启动子区中的表达增加和H3K18la富集相关（图3K和3L）。4. H3K18la调节巨噬细胞靶基因的...