在CUT&Tag实验中,作者发现GhS4G20是GhLYI的一个靶基因,并且通过Y1H(A)、EMSA(B)、Dual-LUC(C)以及RT-qPCR(D)实验证实GhLYI可以直接结合到SAG20的启动子上并诱导它的表达。 pCUT&Tag 利用CUT&Tag进行转录因子结合位点鉴定时需要获得稳定的转基因材料,而获得稳定的转基因材料往往是费时的,因此基于原生质体体系...
CUT&Tag-qPCR方案目前做CUT&Tag-qPCR时，有两种，一种是蛋白酶K消化和gDNA提取后直接qPCR实验，一种是完成建库后进行qPCR。这两种方式都有文献可参考。目前翌圣更推荐完成建库后进行qPCR实验。qPCR 定量检测 qPCR试剂以翌圣的Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix（Cat#11184）为例。反应体系...
qPCR在关注特定基因和潜在调控区域的研究中具有成本低、实验限制少的优势,可应用于发育生物学,肿瘤机制研究以及组蛋白修饰对基因表达的影响等。但实现CUT&Tag-qPCR也并非易事,因为CUT&Tag的技术路线与ChIP有所不同,在ChIP实验中,被抗体特异性抓取的片段一般是目的基因片段,因此可以直接进行qPCR检测。而在传统的CUT&T...
CUT&Tag技术最开始开发出来是用于建库测序的,后来经过众多研究人员的不断探索发现,CUT&Tag技术可以用于qPCR实验来定量特征峰,与传统的ChIP-qPCR的实验效果一致,甚至更优。即CUT&Tag技术的分析手段与传统ChIP一样:NGS测序和qPCR。 (1)CUT&Tag技术进行q...
ChIP qPCR表明靶基因启动子区H3K18la富集增加，RT-qPCR结果证实了乳酸处理后靶基因表达上调（图4D和4E）。同时，FX-11显著抑制BMDM中的细胞内乳酸和H3K18la水平（图4F和4G）。ChIP qPCR和RT-qPCR表明FX-11治疗后H3K18la强度和靶基因表达降低（图4H和4I）。乳酸盐处理组的促炎M1巨噬细胞的百分比显著降低，而FX...
CUT&Tag实验回收的样本不能用于qPCR检测。5.CUT&Tag是否可以用于标签蛋白？可以。6.CUT&Tag文库的质控标准是什么？CUT&Tag文库生成后，应通过TapeStation 或 Bioanalyzer来评估文库的质量，Qubit测定文库的浓度，文库的常见图谱可见图2和图3。7.细菌样本是否可以做CUT&Tag实验？Con A beads通过结合糖蛋白与细胞膜结合...
CUT&Tag的实验流程更简单,所需的细胞量可以比CUT&RUN更低,CUT&Tag适用于大多数非异染色质组蛋白的研究,也适用于多数转录因子的研究,其应用场景更广。 而CUT&RUN更适用于异染色质区的组蛋白标记(H3K9me2/3)和先锋转录因子的研究。另外,由于对转录因子的分辨率更高,CUT&RUN-qPCR是传统ChIP-qPCR的理想替代者。
cut tag相对于chip-seq来说成本高不少。喜报！易基因组蛋白ChIP-seq研究成果见刊《Cell Reports》2023...
CUT&Tag-IT试剂盒是否与测序前的qPCR分析兼容? 可以兼容,但结果不一定准确。由于Tn5插入测序接头的随机性,它使得设计引物来扩增一个特定的基因成为问题,因为引物结合位置的序列可能会被切断。因此,qPCR结果可能并不准确,因为引物结合位点可能被切断导致引物无法结合。