PCR产物经过1.3X磁珠进行纯化,再经Agilent 2100分析仪(Agilent Technologies)用Quant-iTTM dsDNA HS分析试剂盒(Invitrogen,MA,USA)和qPCR对文库进行片段范围及有效浓度检测。 3、文库质检 我们对文库的质检主要包括2种方法: (1) Agilent 2100对文库的插入片段长度进行检测,检测是否有接头二聚体污染等 (2) Qubit或者...
PCR产物经过1.3X磁珠进行纯化,再经Agilent 2100分析仪(Agilent Technologies)用Quant-iTTM dsDNA HS分析试剂盒(Invitrogen,MA,USA)和qPCR对文库进行片段范围及有效浓度检测。 3、文库质检 我们对文库的质检主要包括2种方法: (1) Agilent 2100对文库的插入片段长度进行检测,检测是否有接头二聚体污染等 (2) Qubit或者...
在CUT&Tag实验中,作者发现GhS4G20是GhLYI的一个靶基因,并且通过Y1H(A)、EMSA(B)、Dual-LUC(C)以及RT-qPCR(D)实验证实GhLYI可以直接结合到SAG20的启动子上并诱导它的表达。 pCUT&Tag 利用CUT&Tag进行转录因子结合位点鉴定时需要获得稳定的转基因材料,而获得稳定的转基因材料往往是费时的,因此基于原生质体体系...
即CUT&Tag技术的分析手段与传统ChIP一样:NGS测序和qPCR。 (1)CUT&Tag技术进行qPCR检测 事实证明,CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。...
筛选具有上调的H3K18la修饰的前30个基因,并根据转录上调进行排序;Lrg1是最显著上调的(图3I)。因此,作者将Vegf-a、IL-10和Lrg1作为乳糖基化的潜在靶基因(图3J)。RT-qPCR和ChIP-qPCR分析表明Vegf-a、IL-10和Lrg1启动子区中的表达增加和H3K18la富集相关(图3K和3L)。
在qPCR和ChIP-Seq分析中,高效的实验流程已在多种样本类型中得到验证 好不容易做完实验等来测序结果了, 还要面临测序数据分析这个巨大的挑战! 现在大可不必了! 只要购买ATAC-Seq、CUT&Tag-IT和ChIP-IT High Sensitivity这3款试剂盒任意一款,就可以免费访问Active Motif的生物信息学分析网页,进行免费的生物信息学分析...
如小鼠精原干细胞中RHOX10的调控机制，以及草铵膦对精子组蛋白修饰影响的研究。在进行CUT&Tag研究时，关键步骤包括确定研究目标、利用CUT&Tag寻找目标基因的靶基因，以及通过实验验证如qPCR和EMSA等方法。通过这些案例，我们可以了解到CUT&Tag技术如何助力解析转录因子和组蛋白修饰的生物学效应。
细胞数量、细胞裂解等条件的微小变化可能导致Tn5或pA-Tn5切割频率的差异，但这些变化并不影响测序数据质量的稳定性。文库外观作为定性指标，用于确定是否继续测序。文库质检结果有助于判断测序可能性，指导实验优化。使用基于qPCR的检测方法进行定量，以确保准确性。如有疑问，请联系Active Motif技术支持。
qPCR(real-time CR)实时荧光定量PCR 通过荧光检测定量或者相对定量的展示出目的基因的表达情况 ✅qpcr分类 SYBR染料法 taqman探针法 快进指南: 0:00 qpcr原理 1:05 qpcr分类 1:20 SYBR染料法原理 3:23 taqman探针法原理 (引物设计、上机过程、数据分析、点样技巧等前面的笔记都有哦✅) #qpcr #qpcr实验 #...
由于Tn5酶连有测序接头,在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头,接着提取DNA,进行PCR扩增构建文库。PCR产物经过1.3X磁珠进行纯化,再经Agilent 2100分析仪(Agilent Technologies)用Quant-iTTM dsDNA HS分析试剂盒(Invitrogen,MA,USA)和qPCR对文库进行片段范围及有效浓度检测。