miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测的数据库,当前版本3.0(最近更新2022,较新),支持一次输出单个或多个miRNA或靶基因进行检索。 数据库链接: http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ 二、circRNA数据库 1.circBase 使用频率较高的circRNA数据库之一。收集物种包括人类(hg19...
一、数据库概览 进入exoRBase主页(exorbase.org/)可见数据库简介,exoRBase由复旦大学医学院上海肿瘤研究所黄胜林教授课题组于2018年发表在Nucleic AcidsResearch杂志,该数据库基于归一化处理的人类血液外泌体RNA-seq数据和已发表文献数据进行整合,旨在表征人类血外泌体中circRNA、lncRNA和mRNA表达及可视化结果、功能注释和...
CircInteractome：该数据库提供了多种circRNA和miRNA的相互作用关系，并且可以通过circRNA的名称、ID、染色体...
本文探讨结直肠癌(CRC)外泌体中hsa_circ_0004831及其参与的ceRNA网络对CRC临床预后的预测价值,首先从exoRBase数据库获得CRC患者和正常组织来源的外泌体circRNA和mRNA表达矩阵进行差异分析,结果得知hsa_circ_0004831在CRC中表达水平平均增加3.92倍,在Figure3A中展示。而后从BBCancer数据库下载相应的细胞外囊泡miRNA表达矩阵...
数据库 | VirusCircBase:环状 RNA病毒数据库 环状RNA (circRNA) 是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,对多种细胞活动和多种人类疾病至关重要。既往研究中已经在双链DNA病毒(dsDNA)中鉴定了几种与癌症相关的病毒circRNA,但关于病毒circRNA的系统研究尚未见报道。VirusCircBase是第一个病毒circRNA数据库,可以为研究...
前面两期为大家详细介绍了非编码RNA中的#lncRNA和#circRNA,本期继续为大家介绍一种非编码RNA:miRNA。本文将从miRNA的发现、结构、作用机制、功能、表达调控以及常用数据库几个方面为大家详细介绍#非编码RNA调控系列之#miRNA的调控。 #汉恒生物 #科研 +5
miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测的数据库,当前版本3.0(最近更新2022,较新),支持一次输出单个或多个miRNA或靶基因进行检索。 数据库链接: http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ 二、circRNA数据库 1.circBase ...
首先在数据库找到已知的circRNA和miRNA序列，然后通过miranda和targetscan做个靶向预测就可以哦 ...
miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测的数据库,当前版本3.0(最近更新2022,较新),支持一次输出单个或多个miRNA或靶基因进行检索。 数据库链接: http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ 二、circRNA数据库 1.circBase ...