miRDB是一个用于动物(人、小鼠、大鼠、狗、鸡)miRNA靶标预测和功能注释的在线数据库,用户可通过按miRNA名称或按基因靶标信息两种方式进行检索。 数据库链接:http://www.mirdb.org/ 往期教程: 《使用miRDB预测miRNA的靶基因》 5.miRWalk miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测...
其后依次显示circRNA的编码链,长度,结合的miRNA,宿主基因的gene symbol以及对应的鼠的circRNA。 点击miRNA一栏的超链接,页面跳转到miRNA预测的页面,显示了所有预测的能与hsa_circEGFR_001结合的miRNA信息,如下图所示,前三列信息如前所述,第四列提供了对应的miRNA的ID,第五、六列分别提供了miRanda和Targetscan数据库预...
需要说明的是circMir数据库采用了miRanda (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do) 与RNAhybrid (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/) 两种程序来预测circRNA-miRNA交互,而之所以强调这一点是因为众多可以预测所结合的miRNA的circRNA数据库都是基于各大已知的相关miRNA数据库运作的。如...
二、circRNA与miRNA的交互预测 点击左侧导航栏“miRNA Target Sites”进入circRNA-miRNA交互预测页面。注意这里的交互预测采用了Targetscan数据库算法,且具有双向性,即在Step1输入circRNA的ID可以预测与之结合的miRNA,在Step2输入miRNA的ID可以预测与之结合的circRNA,根据使用者的目的选择其一即可。这里以hsa_circ_0000020为...
circAtlas数据库通过分析circRNA与基因之间的相关性将其联系起来,再结合与该circRNA相关的所有基因、miRNA与蛋白的功能来推测circRNA的功能,并进行富集分析。换言之,富集实际上富的也是circRNA互作或者相关的一些分子,来侧面反应circRNA的功能。 八、“Disease”
circRNA-miRNA预测发现1532个miRNAs可能能够与5个circRNAs相互作用。最后,5个circRNA的共表达的功能富集结果与2052个失调circRNA的功能富集结果一致,表明这5个circRNA可能通过自身翻译和与miRNA的相互作用在调控前列腺癌的进展中发挥重要作用,但这个结果还需要今后在体外和体内进行实验验证。
前者为circRNA提供了一套新的命名体系,并且可以预测circRNA与miRNA的交互作用;后者不仅可以预测circRNA与miRNA的互作,同时预测了某一个circRNA可能结合的RBP蛋白(RNA binding protein)。 今天我们再来聊聊circRNA研究领域常见研究思路中最后一个,也是最难做的一个方向—circRNA编码蛋白。今天我们的主角circRNADb数据库在这一方...
starBase：该数据库提供了miRNA与RNA的相互作用关系，包括circRNA-miRNA互作，可以通过circRNA或miRNA的名称...
前者为circRNA提供了一套新的命名体系,并且可以预测circRNA与miRNA的交互作用;后者不仅可以预测circRNA与miRNA的互作,同时预测了某一个circRNA可能结合的RBP蛋白(RNA binding protein)。 今天我们再来聊聊circRNA研究领域常见研究思路中最后一个,也是最难做的一个方向—circRNA编码蛋白。今天我们的主角circRNADb数据库在这一方...
即可获得预测到的与circRNA结合的miRNA信息, starbase网站 打开starbase网站,选择对应的物种,输入circRNA ID, 以hsa_circ_0001946为例,输入hsa_circ_0001946,即可获得Ago CLIP-seq 数据支持的 miRNA-circRNA 互作。 综上介绍了不同数据库circRNA序列的...