miRDB是一个用于动物(人、小鼠、大鼠、狗、鸡)miRNA靶标预测和功能注释的在线数据库,用户可通过按miRNA名称或按基因靶标信息两种方式进行检索。 数据库链接:http://www.mirdb.org/ 往期教程: 《使用miRDB预测miRNA的靶基因》 5.miRWalk miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测...
简介:中山大学推出的一个数据库,该数据库从新一代测序技术数据中注释和鉴定 circRNA/miRNA/piRNA 等及他们的表达模式,该数据库可以查看 circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA 的表达、物种保守性、功能、注释,还可以下载数据,包含在不同物种不同组织中的表达情况,还强调 ceRNA 分子网络互作。 6. Circbank网址:circbank.cn...
需要说明的是circMir数据库采用了miRanda (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do) 与RNAhybrid (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/) 两种程序来预测circRNA-miRNA交互,而之所以强调这一点是因为众多可以预测所结合的miRNA的circRNA数据库都是基于各大已知的相关miRNA数据库运作的。如...
其后依次显示circRNA的编码链,长度,结合的miRNA,宿主基因的gene symbol以及对应的鼠的circRNA。 点击miRNA一栏的超链接,页面跳转到miRNA预测的页面,显示了所有预测的能与hsa_circEGFR_001结合的miRNA信息,如下图所示,前三列信息如前所述,第四列提供了对应的miRNA的ID,第五、六列分别提供了miRanda和Targetscan数据库预...
circRNA-miRNA预测发现1532个miRNAs可能能够与5个circRNAs相互作用。最后,5个circRNA的共表达的功能富集结果与2052个失调circRNA的功能富集结果一致,表明这5个circRNA可能通过自身翻译和与miRNA的相互作用在调控前列腺癌的进展中发挥重要作用,但这个结果还需要今后在体外和体内进行实验验证。
运行circMir应用程序后，主界面分为三个部分：左侧用于输入circRNA，中间用于输入miRNA，右侧用于图形化展示。需要注意的是，circMir数据库采用了miRanda和RNAhybrid两种程序来预测circRNA-miRNA交互，这是因为它基于各大已知的相关miRNA数据库运作，如circbank数据库基于Targetscan及miRanda程序。接下来，我将详细...
circAtlas数据库通过分析circRNA与基因之间的相关性将其联系起来,再结合与该circRNA相关的所有基因、miRNA与蛋白的功能来推测circRNA的功能,并进行富集分析。换言之,富集实际上富的也是circRNA互作或者相关的一些分子,来侧面反应circRNA的功能。 八、“Disease”
之前在介绍[[circRNA相互作用预测]]数据库的时候,我们提到了一个 CSCD 的数据库。在这个数据库当中,我们可以预测正常组织或者癌当中特异性的 circRNA 以及这个 circRNA 相互作用的 miRNA和RBP。最近 CSCD 更新了2.0 的版本:CSCD2.0: http://geneyun.net/CSCD2/# ...
circRNA以及miRNA板块则对应了circRNA的信息查询以及如何通过一条已知的miRNA预测与其相互结合的circRNA。在Download界面大家可以下载数据库对于circRNA的注释信息以及circRNA-miRNA互作的分析结果。如果小伙伴们对circBank数据库的使用还有任何问题可以在Help里查找相应的解答。
前者为circRNA提供了一套新的命名体系,并且可以预测circRNA与miRNA的交互作用;后者不仅可以预测circRNA与miRNA的互作,同时预测了某一个circRNA可能结合的RBP蛋白(RNA binding protein)。 今天我们再来聊聊circRNA研究领域常见研究思路中最后一个,也是最难做的一个方向—circRNA编码蛋白。今天我们的主角circRNADb数据库在这一方...