1.创新点 首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressedcircRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(targetDEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标志...
他们旨在通过构建 LUAD 的 circRNA-miRNA-mRNA 调控网络,探索其潜在的分子免疫调节机制,为 LUAD 的诊断和治疗寻找新的靶点和生物标志物。该研究成果发表在《Biological Procedures Online》上,为该领域带来了新的见解。 研究人员主要运用了以下关键技术方法:首先,从 GEO 数据库获取 circRNA 和 miRNA 的表达谱数据,...
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
摘要:目的研究补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA转录网络的影响,探讨其治疗脑缺血的作用机制。方法运用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱联用仪(UPLC-Q-TOF/MS)分析补阳还...
CircRNA除了直接影响mRNA转录外,还可以通过海绵作用于miRNAs或RNA结合蛋白来调控靶基因的表达。本文将重点介绍CircRNA-miRNA-mRNA相互作用网络在糖尿病及其相关并发症中影响基因表达的研究进展。 CircRNA的功能 一组不同的CircRNA已被确定为具有海绵、诱饵或改变基因或蛋白质表达的可翻译元件等功能。CircRNAs可以通过海绵的作...
目的通过构建多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者卵丘颗粒细胞的环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(messenger RNA,mRNA)调控网络,并进行临床标本验证,以探寻PCOS发病机制并提供诊疗靶点。 方法使用R...
研究人员比较公共TCGA和GEO数据库中可用的RNA测序数据,以确定在HCC和正常组织中不同水平表达的mRNA、lncRNA和circRNA,并预测差异表达(DE)circRNA和lncRNA的靶向miRNA,以构建HCC的预后circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。他们建立了一个七基因的HCC标记,并验证了预后标记中的一个中枢基因DTYMK,作为一种新的潜在生物...
构建circRNA调控网络——CircRNA-mRNA-miRNA-Network 分别对miRNA与mRNA、miRNA与circRNA进行靶向预测,并根据表达趋势取负相关。根据结果找出具有mRNA-miRNA-circRNA关系的mRNA/circRNA对。计算差异基因和差异circRNA间的共表达关系,挑选出互为正相关的基因与circRNA。根据上述分析结果,选出存在于mRNA-miRNA-circRNA关系中,并...
CircRNA除了直接影响mRNA转录外,还可以通过海绵作用于miRNAs或RNA结合蛋白来调控靶基因的表达。本文将重点介绍CircRNA-miRNA-mRNA相互作用网络在糖尿病及其相关并发症中影响基因表达的研究进展。 图片来源:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34853728/ CircRNA的功能 ...
本研究针对非编码RNA相互作用实验数据匮乏的现状,开发了Prior-incorporated GMIFS(Pi-GMIFS)算法,通过整合RNA-seq表达数据与先验知识网络,显著提高了circRNA-miRNA-mRNA调控轴预测精度。捷克理工大学团队在《BMC Bioinformatics》发表的研究表明,该算法在异构数据集中的数值稳定性优于传统LASSO方法,对circRNA疾病注释的间接验...