lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
1.创新点 首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressed circRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(target DEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标...
# 创建空的网络对象g<-graph.empty(n=length(c(unique(network_data$miRNA),unique(network_data$circRNA),unique(network_data$mRNA))),directed=TRUE)# 添加节点g<-g%>%set_vertex_attr("name",value=c(unique(network_data$circRNA),unique(network_data$miRNA),unique(network_data$mRNA)))%>%set_vert...
高通量RNA测序和生物信息学工具的进步帮助我们确定了几条CircRNA调控途径,其中之一就是microRNA(MiRNA)介导的调控。 CircRNA除了直接影响mRNA转录外,还可以通过海绵作用于miRNAs或RNA结合蛋白来调控靶基因的表达。本文将重点介绍CircRNA-miRNA-mRNA相互作用网络在糖尿病及其相关并发症中影响基因表达的研究进展。 CircRNA的功能...
CircRNA除了直接影响mRNA转录外,还可以通过海绵作用于miRNAs或RNA结合蛋白来调控靶基因的表达。本文将重点介绍CircRNA-miRNA-mRNA相互作用网络在糖尿病及其相关并发症中影响基因表达的研究进展。 图片来源:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34853728/ CircRNA的功能 ...
由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。 他们的研究结果发表在《Aging-US》杂志上的一篇题为“Comprehensive analysis of the competing endogenous circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA network and identification of a novel...
摘要:目的研究补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA转录网络的影响,探讨其治疗脑缺血的作用机制。方法运用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱联用仪(UPLC-Q-TOF/MS)分析补阳还...
目的通过构建多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者卵丘颗粒细胞的环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(messenger RNA,mRNA)调控网络,并进行临床标本验证,以探寻PCOS发病机制并提供诊疗靶点。 方法使用R...
最终,建立了1个由7个circRNAs、5个miRNAs和19个mRNAs组成的circRNA-miRNA-mRNA网络。ceRNA网络中的差异基因主要富集在蛋白质降解、细胞的胞吐作用和蛋白酪氨酸激酶活性等生物过程中。KEGG富集分析,DEGs主要富集在趋化因子信号通路、刺猬信号通路、T淋巴细胞受体信号通路和细胞-细胞因子相互作用等信号通路中。ROC曲线,MAL2...
基于生物信息分析筛选结节性甲状腺肿中差异表达的环状RNA(circRNA),并揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在结节性甲状腺肿中的作用.方法从GEO数据库中检索结节性甲状腺肿组织基因芯片数据,利用R软件筛选出差异表达的circRNA.联合多个生物信息数据库预测差异表达circRNA下游的miRNA及mRNA, 并对靶mRNA进行GO及KEGG富集分析.利用STR...