lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
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ceRNA网络是一个复杂的转录后调控网络,其中环状RNA (circRNA)、长链非编码RNA (lncRNA)和蛋白质编码mRNA通过至少一个共享的miRNA反应元件(MRE)与microRNA (miRNA)竞争。 由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。
与mRNA、tRNA、miRNA等线性RNA不同，环状RNA（Circular RNA，circRNA）是一类新的存在调控功能的非编码RNA，它是由外显子、内含子及基因间区域的反向剪接产生，具有闭合的环状结构，无3′端和5′端，因此其在细胞内具有更高的稳定性。circRNA广泛存在于真核生物的转录组中，研究表明其序列保守性高、在细胞组织中...
当 circRNA 作为 ceRNA 与 mRNA 竞争结合相同的 miRNA 时,circRNA、miRNA 和 mRNA 之间的这种相互作用称为 ceRNA 串扰。一个miRNA可能有多个目标circRNA,它也可以调节几个不同的mRNAs,因此,可以存在许多由该miRNA介导的串扰,形成一个ceRNA网络。这样的网络可用于检测癌症生物标志物、早期诊断模式 和癌症治疗的新概念...
本文探讨结直肠癌(CRC)外泌体中hsa_circ_0004831及其参与的ceRNA网络对CRC临床预后的预测价值,首先从exoRBase数据库获得CRC患者和正常组织来源的外泌体circRNA和mRNA表达矩阵进行差异分析,结果得知hsa_circ_0004831在CRC中表达水平平均增加3.92倍,在Figure3A中展示。而后从BBCancer数据库下载相应的细胞外囊泡miRNA表达矩阵...
在结直肠癌中研究人员也发现存在circRNA-miRNA-mRNA网络,circFMN2可通过miR-1182/hTERT轴促进结直肠癌细胞的增殖与迁移[20]。另外,circRNA-miRNA轴对肿瘤细胞增殖的影响在骨肉瘤、胰腺导管腺癌、神经胶质瘤、肝癌等多种恶性肿瘤中也被研究证实。 3.2 影响肿瘤细胞的迁移和侵袭 肿瘤的侵袭与转移是多因素相互作用的结果...
结果3:构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络 在这里,作者先通过miRanda对筛选出来的4个DEcircRNA的潜在miRNA进行预测,接着利用mirWalk和mircoT-CDS对所对应的靶基因进行预测,然后使用Cytoscape构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。结果显示:CircRNA-213-miRNA-mRNA网络主要包括7个miRNA节点,392个mRNA节点(图2)。CircRNA-689-...
2. ceRNA网络的构建和功能分析 为了更好地理解circRNA在miRNA介导的mRNA中的作用,作者构建了circRNA-miRNA mRNA(ceRNA)网络。首先,使用CircInteractome数据库,预测了6个DEcircRNA靶向的miRNA,并识别了100个circRNA-miRNA对。与DemiRNA相交后,仅保留了13个circRNA-miRNA对,包括6个circRNA和11个DEmiRNA。然后,在3个数据...