首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressedcircRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(targetDEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标志物的潜力;洋...
接着,利用蛋白质‑蛋白质相互作用的数据库(STRING),将置信度设置为0.4,获得mRNA的调控关系对,并基于两个miRNA之间的共同靶点mRNA而得到miRNA‑miRNA的调控关系对,即两个miRNA之间至少有2个共同的靶点mRNA。通过合并miRNA‑mRNA、mRNA‑...
microRNA (miRNA)复合物：由miRNA和蛋白质组成，参与转录后的RNA调节。miRNA复合物可以与mRNA靶标结合，...
4、miRNA、lncRNA、circRNA的鉴定以及ceRNA网络的构建 通过搜索miRDB、miRWalk和TargetScan数据库,共预测出与上述8个关键基因相关的199个重叠的上游miRNA(图6A)。根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR...
近日,我校生命科学与资源环境学院谢梅琼课题组在国际学术期刊BMC Genomics(中国科学院二区top)上发表了题为“Regulatory networks of mRNAs and miRNAs involved in the immune response of diamondback moth, Plutella xylostella to funga...
5. 构建miRNA-mRNA网络 合并miRNAs与靶基因总集的蛋白质互作关系,从而建立miRNA-mRNA的调控网络。 图5. miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA,圆形表示mRNA,红色线条表示miRNA对mRNA的调控关系,蓝色线条为mRNA之间的蛋白质互作关系 6. 预测调控miRNA的转录因子(Transcript Factor) 1)基于调控因子结合位点数据库,利用相应算...
第一步,分别在TCGA上下载mRNA和miRNA数据 第二步,分别提取相应表达矩阵 第三步,分别做miRNA和mRNA的差异表达分析 第四步,将mRNA和miRNA合并为一个矩阵 第五步,WGCNA分析 第六步,Cytoscape构建共表达网络 希望本文对大家有所帮助,本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
本研究旨在通过对失调的miRNA-mRNA共表达网络的综合生物信息学分析,以鉴定OEM中的关键miRNA。 2 技术路线1. 配对OEM患者及健康志愿者的mRNA图谱 研究共纳入5例OEM患者配对的异位内膜(EC)和在位内膜(EU)组织和3例健康志愿者的正常子宫内膜组织,共计13个组织样本。mRNA测序数据经质控后获得1416264272条reads。1387396...
Cytoscape 用于可视化。在分析中心基因时,四个 mRNA(PTGS2、CASP8、< /span>]。随后,构建了一个 miRNA-mRNA 网络,其中包含 16 个边(34、33、 32、31)被发现与 4 个 miRNA(miR -155-5p、miR-128-3p、miR-16-5p 和 miR-20a-5p)。这一发现与之前的研究结果一致[CD274 和 NFE2L2 ...