4、miRNA、lncRNA、circRNA的鉴定以及ceRNA网络的构建 通过搜索miRDB、miRWalk和TargetScan数据库,共预测出与上述8个关键基因相关的199个重叠的上游miRNA(图6A)。根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR...
然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可...
因此,通过药物筛选,发现洋地黄素和土霉素具有潜在的治疗作用。 6. circRNA-miRNA-mRNA调控网络构建 由DETMs预测的总共4674个基因,427条边。97个重叠基因被确定为进一步分析的指标。然后,我们整合了circRNA-miRNA网络和miRNA-mRNA调控网络,并使用Cytoscape构建了一个完整的circRNA-miRNA-mRNA调控网络网络(图7)。 7. RT...
第一步,分别在TCGA上下载mRNA和miRNA数据 第二步,分别提取相应表达矩阵 第三步,分别做miRNA和mRNA的差异表达分析 第四步,将mRNA和miRNA合并为一个矩阵 第五步,WGCNA分析 第六步,Cytoscape构建共表达网络 希望本文对大家有所帮助,本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
本期介绍的工具不仅是解决了以上问题,还能做出高大上的miRNA-mRNA网络图,是不是很心动呢? 1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构...
脂肪干细胞成骨分化的转录因子 -miRNA-mRNA 网络分析 背景:脂肪干细胞来源广泛、易于获取,人脂肪组织来源的干细胞进入分化骨细胞涉及基因表达的变化主要受miRNA和转录因子调节,但调节脂肪干细胞成骨分化的转录因子-miRNA-mRNA调控网络尚未建立。 目的:筛选...
原名:Whole transcriptome-based miRNA-mRNA network analysis revealedthe mechanism of inflammation-immunosuppressive damage caused bycadmium in common carp spleens 译名:基于全转录组的miRNA-mRNA网络分析揭示了镉致鲤鱼脾脏炎症免疫抑制损伤的机制 期刊:Science of the Total Environment ...
ceRNA网络是一种新型的基因调控机制,可以通过共享microRNA(miRNA)来影响彼此的表达,导致疾病或某种表型的改变。在这篇文章中,我将分享使用igraph包构建ceRNA网络的r语言代码,让老铁你可以轻松构建自己的网络并进一步探究基因调控的机制。 一、软件包与输入的配置 ...
课时08.构建miRNA与mRNA共表达网络是Cytoscape与生信数据挖掘,研究生利用生信发表SCI的第8集视频,该合集共计8集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...