lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
1.创新点 首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressed circRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(target DEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标...
结果筛选出278个差异表达mRNA、23个差异miRNA和2402个差异circRNA(P<0.05和|log2FC|>0.8);构建256条circRNA-miRNA-mRNA调控网络,包含13个mRNA、2个miRNA和40个circRNA;临床验证后提示,妊娠相关血浆蛋白A(pregnancyassociated plasma protein A...
通过调节miRNA的表达起到miRNA海绵的作用.miRNA是一类由长度约22 个核苷酸组成的非编码单链RNA,它参与动,植物转录后基因表达的调控.circRNA-miRNA-mRNA网络是一些疾病的相关调节模式,circRNA可作为miRNA海绵发挥作用,并调节下游相关mRNA.本文中,我们讨论了目前对于circRNA的理解以及通过circRNA-miRNA-mRNA网络在疾病中的...
CircRNA除了直接影响mRNA转录外,还可以通过海绵作用于miRNAs或RNA结合蛋白来调控靶基因的表达。本文将重点介绍CircRNA-miRNA-mRNA相互作用网络在糖尿病及其相关并发症中影响基因表达的研究进展。 CircRNA的功能 一组不同的CircRNA已被确定为具有海绵、诱饵或改变基因或蛋白质表达的可翻译元件等功能。CircRNAs可以通过海绵的作...
最近的几项研究发现,调控竞争性内源性RNA (ceRNA)网络的机制会影响HCC的发生和发展。ceRNA网络是一个复杂的转录后调控网络,其中环状RNA (circRNA)、长链非编码RNA (lncRNA)和蛋白质编码mRNA通过至少一个共享的miRNA反应元件(MRE)与microRNA (miRNA)竞争。
CircRNA除了直接影响mRNA转录外,还可以通过海绵作用于miRNAs或RNA结合蛋白来调控靶基因的表达。本文将重点介绍CircRNA-miRNA-mRNA相互作用网络在糖尿病及其相关并发症中影响基因表达的研究进展。 图片来源:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34853728/ CircRNA的功能 ...
非编码RNA(ncRNA)是在基因转录过程中产生的一种不编码蛋白但可以调控基因功能进而调控多种病理生理过程的RNA。ncRNA调控网络的动态平衡在机体稳态的维持中具有重要作用,异常调控将导致疾病的发生。环状RNA(circRNA)主要涉及心血管疾病(CVD)演化,对miRNA起海绵作用,继而调控miRNA以及其靶点mRNA功能。本文章将对circRNA- mi...
ceRNA网络是一种新型的基因调控机制,可以通过共享microRNA(miRNA)来影响彼此的表达,导致疾病或某种表型的改变。在这篇文章中,我将分享使用igraph包构建ceRNA网络的r语言代码,让老铁你可以轻松构建自己的网络并进一步探究基因调控的机制。 一、软件包与输入的配置 ...
全转录组测序技术不仅可同时检测mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA,而且可结合多种RNA信息进行ceRNA整合分析,探究其潜 在的调控网络机制,已成为解释生物学现象的研究利器。并且可以进行两两间关联分析和两者以上ceRNA网络调控分析,有助于缩小筛 选范围,挖掘关键基因。一方面节省了样本量,另一方面使用同一批次样本提高了研究...