我院谢梅琼课题组揭示小菜蛾免疫真菌感染的mRNA - miRNA调控新网络 近日,我校生命科学与资源环境学院谢梅琼课题组在国际学术期刊BMC Genomics(中国科学院二区top)上发表了题为“Regulatory networks of mRNAs and miRNAs involved in the...
然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可...
课时08.构建miRNA与mRNA共表达网络是Cytoscape与生信数据挖掘,研究生利用生信发表SCI的第8集视频,该合集共计8集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
第一步,分别在TCGA上下载mRNA和miRNA数据 第二步,分别提取相应表达矩阵 第三步,分别做miRNA和mRNA的差异表达分析 第四步,将mRNA和miRNA合并为一个矩阵 第五步,WGCNA分析 第六步,Cytoscape构建共表达网络 希望本文对大家有所帮助,本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
本期介绍的工具不仅是解决了以上问题,还能做出高大上的miRNA-mRNA网络图,是不是很心动呢? 1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构...
2、对差异的miRNA进行GO、KEGG富集分析 3、对差异基因进行PPI分析并筛选出重要的子网络，同时也对差异基因进行GO、KEGG富集分析 4、构建miRNA-mRNA网络 5、对网络中的差异基因进行生存分析 总结：这篇文章发文思路比较简单，文章图片清晰整洁，作者仅仅分析了GEO数据库中的数据，并没有进行下一步的验证。其实，在这...
两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众号回复“mi636”获得。
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...