我院谢梅琼课题组揭示小菜蛾免疫真菌感染的mRNA - miRNA调控新网络 近日,我校生命科学与资源环境学院谢梅琼课题组在国际学术期刊BMC Genomics(中国科学院二区top)上发表了题为“Regulatory networks of mRNAs and miRNAs involved in the...
然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可...
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
课时08.构建miRNA与mRNA共表达网络是Cytoscape与生信数据挖掘,研究生利用生信发表SCI的第8集视频,该合集共计8集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
第一步,分别在TCGA上下载mRNA和miRNA数据 第二步,分别提取相应表达矩阵 第三步,分别做miRNA和mRNA的差异表达分析 第四步,将mRNA和miRNA合并为一个矩阵 第五步,WGCNA分析 第六步,Cytoscape构建共表达网络 希望本文对大家有所帮助,本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众号回复“mi636”获得。
2、对差异的miRNA进行GO、KEGG富集分析 3、对差异基因进行PPI分析并筛选出重要的子网络，同时也对差异基因进行GO、KEGG富集分析 4、构建miRNA-mRNA网络 5、对网络中的差异基因进行生存分析 总结：这篇文章发文思路比较简单，文章图片清晰整洁，作者仅仅分析了GEO数据库中的数据，并没有进行下一步的验证。其实，在这...
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
Cytoscape 用于可视化。在分析中心基因时,四个 mRNA(PTGS2、CASP8、< /span>]。随后,构建了一个 miRNA-mRNA 网络,其中包含 16 个边(34、33、 32、31)被发现与 4 个 miRNA(miR -155-5p、miR-128-3p、miR-16-5p 和 miR-20a-5p)。这一发现与之前的研究结果一致[CD274 和 NFE2L2 ...
该课题组利用Arraystar piRNA芯片等表达谱芯片研究发现piR-30188和miR-367-3p、lncRNA OIP5-AS1 与CEBPA基因的 mRNA形成ceRNA机制,调控下游TRAF4基因表达,影响神经胶质瘤的增殖侵袭等。该研究成果发表在课题组在国际知名学术期刊Theranostics(影响因子8.766)。(芯片实验由Aksomics提供技术服务) 研究背景 成胶质细胞瘤...