并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA，包括miRNA 11 - 14，在某些情况下有助于跨代表观...
在进行dif-lncRNA-miRNA-dif-mRNA复合网络构建时,计算lncRNA和mRNA的Pearson相关系数,并进行相关性检验,是不可或缺的一步,一般我们更关注lncRNA-mRNA正相关表达关系,筛选出的r> 0.6且p value < 0.05的lncRNA-mRNA,被认为极显著相关的lncRNA-mRNA共表达正相关关系。 后续我们借助Cytoscape才能得到如下的dif-lncRNA...
第一步,分别在TCGA上下载mRNA和miRNA数据 第二步,分别提取相应表达矩阵 第三步,分别做miRNA和mRNA的差异表达分析 第四步,将mRNA和miRNA合并为一个矩阵 第五步,WGCNA分析 第六步,Cytoscape构建共表达网络 希望本文对大家有所帮助,本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
还是这张图。为了重复它。昨天发的是数据整理部分的代码。今天是完整操作 1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download...
3、对差异基因进行PPI分析并筛选出重要的子网络，同时也对差异基因进行GO、KEGG富集分析 4、构建miRNA-mRNA网络 5、对网络中的差异基因进行生存分析 总结：这篇文章发文思路比较简单，文章图片清晰整洁，作者仅仅分析了GEO数据库中的数据，并没有进行下一步的验证。其实，在这篇文章的基础还可以通过下载TCGA数据库的...
1、在GEO数据库上搜索相关的miRNA和mRNA数据,然后下载整理进行差异分析 2、对差异的miRNA进行GO、KEGG富集分析 3、对差异基因进行PPI分析并筛选出重要的子网络,同时也对差异基因进行GO、KEGG富集分析 4、构建miRNA-mRNA网络 5、对网络中的差异基因进行生存分析 ...
两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众号回复“mi636”获得。
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
microRNA通过干扰转录靶区的翻译或稳定性来调节基因表达。miRNA与mRNA之间的相互作用很可能是癌症发生和发展的重要过程。本文对肾透明细胞癌(ccRCC)有无转移患者数据对比分析差异表达的miRNA及mRNA之间进行分子网络挖掘。 材料与方法 本文采用肾透明细胞癌ccRCC的16例转移患者和22例未确认转移患者的miRNA和mRNA表达谱芯片数...
首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressed circRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(target DEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标志物的潜力...