circBank数据库揭示了43701个circRNA-mRNA相互作用。然后,通过整合GSE97332数据集和GSE164803数据集的微阵列数据,选择了6个circRNA(hsa_circ_0003209、hsa_circ_0008128、hsa_circ_0020396、hsa_circ_0030051、hsa_circ_0034049和hsa_circ_00823...
CircRNA的作用机制之一就是吸附miRNA,影响miRNA的表达,进而影响基因的表达,即所谓的ceRNA(竞争性内源RNA)假说。 图2. ceRNA机制 如图所示,circRNA以圆形表示其中包含磁铁图标,暗示它可以吸附周围的miRNAs分子(miRNA分子以梳子形式表示);而miRNA又可以靶向mRNA,从而抑制mRNA的表达。这样就形成了3分子间的相互作用轴(circRN...
然后,我们整合了circRNA-miRNA网络和miRNA-mRNA调控网络,并使用Cytoscape构建了一个完整的circRNA-miRNA-mRNA调控网络网络(图7)。 7. RT-PCR验证 为验证OA中的DECs表达,在OA软骨和非OA软骨(n =5)验证,大多数结果与我们的分析一致(图8)。 8. 中枢DECs功能的体外验证 建立了体外IL-1β介导的OA软骨细胞模型,以...
network_data<-read.csv("data.csv",header=TRUE) ②定义网络参数与属性: # 创建空的网络对象g<-graph.empty(n=length(c(unique(network_data$miRNA),unique(network_data$circRNA),unique(network_data$mRNA))),directed=TRUE)# 添加节点g<-g%>%set_vertex_attr("name",value=c(unique(network_data$circ...
然后作者又对低温处理的茶树中mircoRNA进行测序分析，共鉴定到129个保守的microRNA，基于以上结果作者预测并构建了circRNA-microRNA-mRNA调控网络，发现差异表达的circRNA可能靶向与低温胁迫反应相关的多种已知miRNA，如miR166、miR172、miR396和miR408（图10D-F）。图9 茶树circRNAs的特征和序列验证(Huang et al.,2023...
circRNA / miRNA相互作用分析显示mmu-mir-7092-3p与circINPP4B密切相关,表明磷脂酰肌醇信号通路可能受EA影响。qPCR证实12个circRNA具有显着差异。这些发现表明,EA干预可能可以通过调节甲状腺激素和磷脂酰肌醇信号传导来显著保护胰岛功能并改善T2DM中的空腹血糖含量水平。 图7. circRNA-miRNA互作网络图...
7.利用环状RNA-miRNA-mRNA网络预测和注释hsa_circ_0001250 为了进一步确定hsa_circ_0001250的生物学功能和潜在的连接,文章构建了一个环状RNA-miRNA-mRNA网络。hsa_circ_0001250从理论上预测了前10个miRNA和前5个mRNA(图7)。推测环状RNA可能与这些miRNAs结合,之后miRNAs对预测靶mRNA的抑制作用将被消除。在hsa_ circ_...
镉毒性下的“分子网络” 我们通过构建一个复杂的circRNA-miRNA-mRNA网络,预测了镉毒性下主要的生物学功能和代谢途径。266个不同的circRNA、223个不同的miRNA和519个不同的mRNA在镉暴露下表达发生变化(图2)。这些变化的分子可能调控着细胞增殖、凋亡、氧化应激和炎症反应等关键细胞过程。
图1.心血管疾病中的circRNA-miRNA-mRNA轴 2 CVD中的circRNA-miRNA-mRNA轴 2.1 冠心病 冠心病在CVD中发病率最高,但早期诊断仍然存在困难。非侵入性检查方式包括心电图(ECG)、运动踏板试验、动态心电检测、以及冠脉血管计算机成像(CTA),和侵入性冠脉血管造影(CAG)。但是每种方式均有其缺点,心电图敏感性和特异性较...