首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressedcircRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(targetDEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标志物的潜力;洋...
4、miRNA、lncRNA、circRNA的鉴定以及ceRNA网络的构建 通过搜索miRDB、miRWalk和TargetScan数据库,共预测出与上述8个关键基因相关的199个重叠的上游miRNA(图6A)。根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR...
然后作者又对低温处理的茶树中mircoRNA进行测序分析，共鉴定到129个保守的microRNA，基于以上结果作者预测并构建了circRNA-microRNA-mRNA调控网络，发现差异表达的circRNA可能靶向与低温胁迫反应相关的多种已知miRNA，如miR166、miR172、miR396和miR408（图10D-F）。图9 茶树circRNAs的特征和序列验证(Huang et al.,2023...
Pandolfi 提出了一种竞争性内源 RNA (ceRNA) 假说 。这一 ceRNA 假设表明,非编码 RNA 将与 mRNA 广泛竞争以结合相同的 miRNA。 根据 ceRNA 假设,非编码 RNA 和编码 RNA 都可以充当 ceRNA。当 circRNA 作为 ceRNA…
在结直肠癌中研究人员也发现存在circRNA-miRNA-mRNA网络,circFMN2可通过miR-1182/hTERT轴促进结直肠癌细胞的增殖与迁移[20]。另外,circRNA-miRNA轴对肿瘤细胞增殖的影响在骨肉瘤、胰腺导管腺癌、神经胶质瘤、肝癌等多种恶性肿瘤中也被研究证实。 3.2 影响肿瘤细胞的迁移和侵袭 肿瘤的侵袭与转移是多因素相互作用的结果...
研究人员比较公共TCGA和GEO数据库中可用的RNA测序数据,以确定在HCC和正常组织中不同水平表达的mRNA、lncRNA和circRNA,并预测差异表达(DE)circRNA和lncRNA的靶向miRNA,以构建HCC的预后circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。他们建立了一个七基因的HCC标记,并验证了预后标记中的一个中枢基因DTYMK,作为一种新的潜在生物...
目的通过构建多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者卵丘颗粒细胞的环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(messenger RNA,mRNA)调控网络,并进行临床标本验证,以探寻PCOS发病机制并提供诊疗靶点。 方法使用R...
该团队假定在植物中也存在circRNA-miRNA-mRNA调控网络，同时发现有文献曾研究过，过表达MIR408也会出现叶绿素的升高、下胚轴的伸长等与Os06circ02797突变体相似的表型 (Zhang et al. 2011)，因此假定，Os06circ02797可充当OsMIR408的海绵并负向调控OsMIR408。为验证此假设，使用qRT-PCR技术检测Os06circ02797突变体中...
镉毒性下的“分子网络” 我们通过构建一个复杂的circRNA-miRNA-mRNA网络,预测了镉毒性下主要的生物学功能和代谢途径。266个不同的circRNA、223个不同的miRNA和519个不同的mRNA在镉暴露下表达发生变化(图2)。这些变化的分子可能调控着细胞增殖、凋亡、氧化应激和炎症反应等关键细胞过程。
「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等),下图清晰展示RNA家族分类(「红圈标记处是本文想要重点介绍的部分」)。 一般所说的「转录组测序」...